结论：没有土地使用权的建筑用来抵偿工程款后，一般不能依此阻断法院的查封执行。以下从多个角度进行分析：
一、法律对建筑物产权及土地使用权的规定
根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，建筑物、构筑物及其附属设施的所有权与土地使用权通常是紧密相连的。在我国，土地属于国家或集体所有，个人或单位仅能依法取得土地使用权。对于建筑物而言，其合法存在往往依赖于合法的土地使用权。若建筑物没有合法的土地使用权，那么该建筑物的产权本身就存在瑕疵，可能被视为违法建筑。
二、违法建筑的处理原则
对于违法建筑，法律通常采取限制其权利行使的原则。这意味着，违法建筑的所有权人或使用权人可能无法像合法建筑那样自由地行使占有、使用、收益和处分的权利。在涉及法院查封执行时，违法建筑往往难以成为有效的执行标的，因为其产权本身不受法律保护。
三、以违法建筑抵偿工程款的情况分析
抵偿行为的效力：如果双方约定以没有土地使用权的建筑来抵偿工程款，这种抵偿行为本身可能因违反法律强制性规定而无效。因为违法建筑无法成为合法的交易标的，所以以此进行的抵偿行为也难以得到法律的认可。
法院查封执行的依据：法院在执行过程中，通常会依据生效的法律文书（如判决书、裁定书等）来确定执行标的。如果执行标的是违法建筑，且该建筑没有合法的土地使用权，那么法院在查封执行时可能会面临法律障碍。因为违法建筑本身不受法律保护，法院无法通过执行程序将其合法地转移给申请执行人。
四、特殊情况下的处理
虽然一般情况下没有土地使用权的建筑不能用来阻断法院的查封执行，但在某些特殊情况下，如果建筑物虽然缺乏土地使用权，但已经通过补办手续、缴纳罚款等方式获得了合法地位，或者双方之间的抵偿行为得到了法律的认可（如通过诉讼确认抵偿协议的效力），那么该建筑可能在一定程度上能够成为执行标的。然而，这种情况需要具体分析，并且通常需要满足一系列严格的法律条件。
建议：如果您面临类似情况，建议及时咨询专业律师，了解具体案件的法律适用和可能的解决方案。同时，也建议您在未来的交易中注意审查建筑物的产权及土地使用权情况，避免涉及违法建筑带来的法律风险。如果您有任何关于房产纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。