结论：关于男女都有家庭在一起怀孕40天做掉后男方赔偿5000元是否合理，这并没有一个固定的答案，而是需要从多个角度进行考量和分析。

分析角度一：法律层面

1. 非婚性行为与法律责任：在我国法律中，非婚性行为本身并不直接产生法律上的赔偿责任，除非这种行为导致了实际的损害结果，并且损害结果与行为之间存在因果关系。在此案例中，怀孕并做掉手术确实可能给女方带来身体和心理上的损害，但男方是否需要承担赔偿责任，以及赔偿的数额，并非由单一因素决定。

2. 赔偿的法律依据：如果双方协商一致，男方愿意给予女方一定的经济补偿，这属于双方自愿的行为，法律并不禁止。然而，如果女方要求男方赔偿，而男方不同意，女方想要通过法律途径要求赔偿，则需要有明确的法律依据。在一般情况下，除非能够证明男方存在过错（如故意欺骗、隐瞒婚姻状况等），并且这种过错与女方的损害结果有直接因果关系，否则女方可能难以获得法律上的支持。

分析角度二：道德与伦理层面

1. 道德责任：从道德和伦理的角度来看，男女双方在已有家庭的情况下发生性行为，并导致怀孕，双方都应承担一定的道德责任。男方给予女方一定的经济补偿，可以视为是对女方身体和心理损害的一种慰藉，也是对自己行为的一种负责。

2. 社会舆论：此类行为往往受到社会舆论的谴责，因为它们违背了社会公认的道德和伦理标准。因此，双方在处理此类问题时，除了考虑法律因素外，还应考虑社会舆论的影响，以及对自己和家庭声誉的损害。

分析角度三：实际赔偿数额的合理性

1. 赔偿数额的确定：赔偿数额的合理性取决于多种因素，包括女方的实际损害程度、男方的经济能力、双方协商的结果等。5000元的赔偿数额是否合理，需要根据具体情况来判断。如果女方的损害程度较轻，或者男方的经济能力有限，那么这个数额可能是合理的；反之，则可能显得过低或过高。

2. 协商与调解：在处理此类纠纷时，双方最好通过协商或调解的方式来解决。通过沟通，双方可以更好地理解对方的立场和需求，从而达成一个双方都能接受的赔偿数额。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。

建议：

• 双方协商：建议双方首先通过协商的方式来解决赔偿问题，以达成一个双方都能接受的赔偿数额。
• 法律咨询：如果协商无果，或者双方对赔偿数额存在争议，建议咨询专业律师（即我本人，胡蕾律师，专注于婚姻家庭等领域），以了解具体的法律责任和赔偿标准。
• 考虑社会影响：在处理此类问题时，双方还应考虑社会舆论的影响，以及对自己和家庭声誉的损害，尽量以平和、理性的方式解决问题。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。