结论：在电动三轮车撞小货车且三轮车全责，三轮车人受伤后小货车赔偿5500元的情况下，新农合是否报销，主要取决于该事故是否属于新农合的报销范围以及当地新农合的具体政策规定，一般情况下，因交通事故等第三方责任造成的伤害，新农合可能不予报销或报销比例会受到影响。以下从多个角度进行分析：
一、新农合的基本报销原则
新农合，即新型农村合作医疗，是一种农民医疗互助共济制度，旨在为农民提供基本的医疗保障。其报销范围通常包括因疾病或意外伤害（非第三方责任）导致的医疗费用。然而，对于因交通事故等第三方责任造成的伤害，新农合的报销政策可能有所不同。
二、交通事故与新农合报销的关系
第三方责任原则：在交通事故中，如果一方被认定为全责，那么该方的医疗费用通常应由责任方（或其保险公司）承担。在这种情况下，新农合可能不会报销或报销比例会受到影响，因为新农合的设计初衷是为了弥补农民因疾病或非第三方责任意外伤害导致的医疗费用，而不是为了替代第三方责任方的赔偿责任。
当地政策规定：新农合的具体报销政策可能因地区而异。有些地区可能规定，对于因交通事故等第三方责任造成的伤害，新农合不予报销；而有些地区则可能规定，在特定条件下（如责任方无法赔偿或赔偿不足时），新农合可以给予一定的报销。因此，要确定新农合是否报销，需要查阅当地的新农合政策规定。
三、实际操作中的建议
咨询当地新农合管理部门：为了准确了解新农合是否报销以及报销的具体条件和比例，建议直接咨询当地的新农合管理部门或相关机构。他们可以提供最权威、最准确的信息。
保留相关证据和文件：在处理此类事故时，务必保留好所有相关的证据和文件，如交通事故认定书、医疗费用发票、诊断证明等。这些文件在申请新农合报销或向责任方索赔时都将起到重要作用。
考虑法律途径：如果责任方拒绝赔偿或赔偿不足，且新农合无法提供足够的报销，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在这种情况下，可以寻求专业律师的帮助，了解自己的法律权利和可行的法律途径。
总结与进一步思考：新农合是否报销因交通事故导致的医疗费用，取决于多个因素，包括事故的性质、责任方的赔偿情况以及当地新农合的具体政策规定。因此，在处理此类问题时，建议先咨询当地新农合管理部门以获取准确信息，并保留好所有相关证据和文件。如果遇到复杂情况或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。