承包协议的甲方主体应当是公司，而非股东会。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律主体资格角度
公司作为法人实体：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司是依法设立的法人实体，具有独立的民事权利能力和民事行为能力。因此，公司有权以自己的名义签订各类合同，包括承包协议。
股东会的法律地位：股东会是公司的权力机构，负责决定公司的重大事项，如选举董事、审议批准公司的年度财务预算方案等。然而，股东会本身并不具备直接对外签订合同的法律资格。股东会的决议通常需要通过公司执行机构（如董事会或执行董事）来具体实施。
二、合同签订实践角度
合同签订主体：在签订承包协议时，通常是由公司作为甲方与承包方（乙方）签订合同。这是因为公司是承包项目的实际运营者和受益者，也是合同权利义务的直接承担者。
股东会决议的效力：虽然股东会可以就公司的重要事项作出决议，但这些决议并不直接构成合同的一部分。股东会决议可能涉及对承包协议的批准或授权，但并不改变合同签订的主体。即，即使股东会通过了关于承包项目的决议，承包协议的甲方仍然应当是公司，而非股东会。
三、法律后果角度
合同效力：如果承包协议的甲方被错误地写为股东会，这可能导致合同效力上的瑕疵。因为股东会并非合同适格主体，其签订的合同可能因主体不适格而被认定为无效或可撤销。
责任承担：在合同履行过程中，如果因甲方（错误地写为股东会）的原因导致合同违约或产生其他法律责任，由于股东会并非实际承担责任的主体，这可能导致责任承担上的混乱和纠纷。
四、建议与总结
明确合同主体：在签订承包协议时，务必明确甲方为公司，并在合同中准确表述公司的名称、住所、法定代表人等信息。
遵循法律程序：如果股东会需要就承包项目作出决议，应当通过正式的决议程序，并明确决议内容对公司的约束力。但决议本身并不改变合同签订的主体。
咨询专业律师：在签订任何合同前，建议咨询专业律师以确保合同的合法性和有效性。作为专业律师，我擅长处理公司事务和刑事辩护领域的法律问题，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。