结论：主合同未履行且起诉法院变更标的的情况下，原担保合同是否有效需分情况讨论，具体取决于担保合同本身的约定、变更标的的性质以及是否影响担保人的责任范围。以下从不同角度进行分析：

1. 担保合同独立性原则

根据《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）第三百八十八条，担保合同是主债权债务合同的从合同，但担保合同具有相对独立性。若主合同变更标的（如合同金额、履行方式等）未加重担保人的责任，且担保合同未明确约定“主合同变更需经担保人同意否则担保失效”，则原担保合同通常仍有效。
示例：主合同借款金额从100万元变更为80万元，担保人仍需对80万元承担担保责任，原担保合同继续有效。

2. 主合同变更对担保合同效力的影响

若主合同变更标的导致担保人责任范围扩大（如借款金额增加、履行期限延长），根据《民法典》第六百九十五条，需经担保人书面同意，否则担保人对扩大部分不承担责任。但原担保合同对未变更部分仍有效。
示例：主合同借款金额从100万元变更为120万元，担保人未书面同意的，仅对原100万元承担责任，超出的20万元不承担担保责任。

3. 法院变更标的的特殊性

若起诉后法院依职权或当事人申请变更主合同标的（如调整违约金、赔偿范围等），需区分以下情形：

• 法院调解或判决调整标的：若调整后的标的未超出原担保合同约定的范围（如担保人同意对“主合同项下全部债务”承担责任），则担保合同仍有效；
  
• 调整后标的超出原担保范围：担保人仅对原担保范围内的债务承担责任，超出部分不承担担保责任。
  法律依据：《民法典》第六百九十一条规定，担保范围包括主债权及利息、违约金等，但当事人另有约定的除外。

4. 担保合同无效的例外情形

若主合同变更标的导致担保合同存在法定无效情形（如恶意串通损害担保人利益、违反法律强制性规定等），则担保合同自始无效。
示例：主合同双方虚构债务变更标的，骗取担保人提供担保，担保人可主张合同无效。

法律建议

1. 审查担保合同条款：重点关注“主合同变更对担保效力的影响”条款，明确是否需担保人同意；
   
2. 评估变更标的的性质：若变更未加重担保人责任，原担保合同通常有效；若加重责任，需取得担保人书面同意；
   
3. 保留证据：如主合同变更涉及法院调整，需留存调解书、判决书等证据，以明确担保责任范围。

若您涉及具体案件，建议提供担保合同文本、主合同变更内容及法院文书等材料，以便进一步分析。