针对超过100米的违章建筑，其处罚方式需结合具体违法情形、地方性法规及行政程序综合判断，核心处罚逻辑如下：

1. 处罚依据：以《城乡规划法》为核心，地方性法规补充
   根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证要求建设的建筑，属违法建设。地方性法规（如《XX省城乡规划条例》）可能进一步细化处罚标准，例如对超高、超面积建筑的特殊规定。

2. 处罚类型：分情形处理，核心为“限期改正+罚款”或“强制拆除”

   • 可采取改正措施消除影响的：
     若建筑虽超100米，但通过补办手续、调整设计等方式可符合规划要求，行政机关会责令限期改正（如补办许可证），并处建设工程造价5%-10%的罚款（具体比例由地方规定）。
     
   • 无法采取改正措施消除影响的：
     若建筑严重违反规划（如占用公共空间、影响消防安全等），或超100米部分无法通过整改符合要求，行政机关会责令限期拆除；逾期不拆的，可依法强制拆除，并处建设工程造价10%以下的罚款。
     

3. 特殊情形：历史遗留问题或公共利益考量

   • 若建筑建成时间较早（如2008年《城乡规划法》实施前），可能按“历史遗留问题”处理，需结合地方政策补办手续或缴纳罚款后保留。
     
   • 若拆除可能严重影响公共利益（如涉及民生设施），行政机关可能暂缓拆除，但会要求限期整改或采取其他补救措施。
     

4. 程序要求：行政机关需依法履行调查、告知、听证等程序
   处罚前需调查取证（如测量面积、核对规划图纸），告知当事人权利（如陈述、申辩、听证），确保程序合法。若当事人对处罚不服，可申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：若您涉及此类问题，需结合具体建筑用途、规划要求、地方政策等进一步分析。可直接向我提供更多细节（如建筑位置、用途、是否已收到处罚通知等），我将为您详细解答。