结论概述：根据新闻背景，摄影师林某某等人未申请进入隧道拍摄，相关单位（深圳地铁建设集团有限公司）的处理程序整体合规，但涉及的具体责任单位（中国铁路设计集团有限公司、中铁一局集团有限公司）内部追责程序是否合规需进一步依据其内部规定判断。以下结合新闻背景及法律分析详细阐述。
一、相关单位处理程序的合规性分析
深圳地铁建设集团有限公司的处理程序
- 通报批评与黄牌警示：深圳地铁建设集团有限公司作为工程建设单位，对违规允许林某某等人进入隧道拍摄的中国铁路设计集团有限公司和中铁一局集团有限公司分别给予黄牌警示和通报批评，这是其作为建设单位对施工现场安全管理的一种有效手段，符合其管理职责和权限。
- 责令追责：深圳地铁建设集团有限公司责令两单位对相关责任人进行追责，这是其作为建设单位对施工单位和勘察设计单位的一种监督和管理措施，旨在确保施工现场的安全和秩序，符合相关法律法规和合同约定。
中国铁路设计集团有限公司与中铁一局集团有限公司的内部追责程序
- 内部规定依据：中国铁路设计集团有限公司和中铁一局集团有限公司作为责任单位，其内部追责程序需依据各自的公司规章制度和内部管理流程进行。从新闻背景中无法直接判断其内部追责程序是否完全合规，但通常这类单位会有明确的责任追究机制和程序。
- 合规性假设：假设两单位按照其内部规定对责任人进行了合理的追责，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等，则其内部追责程序可视为合规。若未按照内部规定进行追责，或追责措施不当，则可能存在合规性问题。
二、林某某等人的行为性质及法律后果
行为性质：林某某等人在未向深圳地铁建设集团有限公司申请并获得许可的情况下，擅自进入地铁22号线隧道工地实施拍摄行为，违反了施工现场的安全管理制度，属于违规行为。
法律后果：
- 行政处罚：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，擅自进入铁路施工工地等危险区域，可能面临警告、罚款等行政处罚。但具体处罚需依据当地公安机关的调查和认定。
- 民事责任：若林某某等人的行为导致施工现场发生安全事故或造成其他损失，可能需承担相应的民事赔偿责任。
- 批评教育：从新闻背景中看，深圳地铁建设集团有限公司已对林某某等人给予了批评教育，这是一种较为轻微的处罚措施，旨在起到警示和教育作用。
三、对相关单位的警示意义及预防措施
警示意义：
- 加强施工现场管理：相关单位应进一步加强施工现场的安全管理，完善安全管理制度和流程，确保施工现场的安全和秩序。
- 提高安全意识：施工单位和勘察设计单位应加强对员工的安全教育和培训，提高员工的安全意识和风险防范能力。
- 严格责任追究：对于违规行为和安全事故，相关单位应严格按照法律法规和内部规定进行责任追究，确保责任到人、措施到位。
预防措施：
- 建立申请审批制度：对于需要进入施工现场进行拍摄、参观等活动的外部人员，应建立严格的申请审批制度，确保活动合法合规。
- 加强现场监管：在施工现场设置明显的安全警示标志和监管人员，对进入施工现场的人员进行实时监管和提醒。
- 完善应急预案：制定完善的应急预案和处置流程，确保在发生安全事故或突发事件时能够迅速响应、有效处置。
总结与建议：摄影师林某某等人未申请进入隧道拍摄的行为属于违规行为，相关单位（深圳地铁建设集团有限公司）的处理程序整体合规。建议相关单位进一步加强施工现场管理、提高安全意识、严格责任追究，并采取有效的预防措施避免类似事件再次发生。若您有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。