在取保候审期间，如果被取保候审人犯下新罪，其保证金的处理是一个涉及法律程序和规定的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、保证金的基本处理原则
在取保候审期间，若被取保候审人故意犯下新罪，这通常被视为严重违反了取保候审的规定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，司法机关会首先暂扣其已交纳的保证金。待人民法院判决生效后，会根据犯罪的性质（故意或过失）及严重程度，来决定是否没收全部或部分保证金。
二、保证金没收的具体情形
故意犯罪：如果被取保候审人在取保期间故意犯下新罪，这通常会导致其交纳的保证金被全部没收。这是因为故意犯罪显示了被取保候审人对法律的蔑视和再次危害社会的可能性，因此需要通过没收保证金来强化对其的约束。
过失犯罪或不构成犯罪：如果新罪是过失犯罪，或者经过审查不构成犯罪，那么司法机关可能会退还部分或全部保证金。但这种情况相对较少，因为即使过失犯罪，也显示了被取保候审人在取保期间未能严格遵守法律法规，存在一定的风险。
三、保证金没收的程序要求
公安机关在决定没收保证金时，需要制作《没收保证金决定书》，并向被取保候审人宣读后由其签名确认。如果被取保候审人拒绝签名，公安机关需要在决定书中注明。这一决定书具有法律效力，被取保候审人无权申请行政复议或提起行政诉讼。
四、保证金没收后的法律后果
强制措施变更：保证金没收后，由于被取保候审人已犯新罪，且可能判处徒刑以上刑罚，司法机关通常会依法变更强制措施，如转为逮捕羁押，以确保刑事诉讼的顺利进行并防止其潜逃。
数罪并罚原则：在新罪判决时，需要与前罪未执行的刑罚进行合并处罚。根据《中华人民共和国刑法》第六十九条关于数罪并罚的规定，人民法院会在总和刑期以下、数刑中最高刑期以上，酌情决定执行的刑期。
五、特殊情况的处理
如果新罪属于过失犯罪且情节较轻，或者经过审查认为不构成犯罪，司法机关可能会酌情不没收保证金，但会加强监管措施，以确保被取保候审人不再危害社会。同时，保证金没收并不影响被害人另行提起民事赔偿诉讼，被取保候审人仍需承担民事赔偿责任。
综上所述，取保候审期间犯新罪将导致保证金的没收，并可能面临强制措施的变更以及新罪与旧罪的合并处理。因此，建议被取保候审人在取保期间严格遵守法律法规，避免再次犯罪，以免给自己带来更加不利的法律后果。