结论前置：农村自建房建房申请流程通过后建成的新房，在符合相关规划和建设要求的情况下，是合法的。但具体合法性还需根据房屋建设是否完全遵循了申请流程中的各项规定以及是否满足其他相关法律法规的要求来判断。

详细分析：

1. 申请流程通过的意义：

   • 农村自建房的申请流程通常包括向相关部门（如乡镇政府或自然资源部门）提交建房申请，经过审核批准后获得建房许可证或相关批准文件。这一流程的通过意味着你的建房计划在初步审查阶段被认为符合当地的土地利用规划、村庄规划以及建设要求。

2. 合法性的核心要素：

   • 遵循批准文件：建房过程中必须严格遵循批准文件中的各项规定，包括但不限于房屋的位置、面积、高度、结构等。任何超出批准范围的建设都可能被视为违法建设。
   • 符合规划要求：房屋建设应符合当地的土地利用总体规划、村庄规划以及城乡规划等相关要求。这包括房屋与周边环境的协调性、对土地资源的合理利用等。
   • 遵守建设法规：在建设过程中，还需遵守《建筑法》、《城乡规划法》等相关法律法规，确保施工安全、工程质量等符合标准。

3. 可能存在的违法情况：

   • 未批先建：如果未获得建房批准文件就擅自开工建设，那么这样的房屋显然是违法的。
   • 超范围建设：即使获得了建房批准文件，但如果在实际建设过程中超出了批准的范围（如面积、高度等），也可能被视为违法建设。
   • 违反规划要求：如果房屋建设不符合当地的土地利用规划、村庄规划或城乡规划等要求，同样可能面临违法建设的认定。

4. 合法性的后续确认：

   • 房屋建成后，可能还需要经过相关部门的验收或确认程序，以确保房屋建设完全符合批准文件和相关法律法规的要求。只有经过这一程序并获得确认的房屋，才能被视为完全合法。

法律建议：

• 在建房前，务必详细了解并遵循当地的建房申请流程和相关法律法规要求。
• 在建设过程中，保持与相关部门的沟通联系，及时咨询并解决可能出现的问题。
• 房屋建成后，主动申请相关部门进行验收或确认程序，以确保房屋的合法性。

可能后果：

• 如果房屋建设被认定为违法建设，可能面临被责令拆除、罚款等行政处罚。
• 在极端情况下，如果违法建设行为严重到构成犯罪的程度，还可能面临刑事责任的追究。

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