股东查账并非一定要通过发函申请的方式，但发函申请是一种正式且推荐的做法。以下从不同角度进行分析：

1. 法律依据与程序要求
   根据《公司法》第三十三条，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告，并可要求查阅公司会计账簿。对于会计账簿的查阅，法律明确要求股东应当向公司提出书面请求，说明目的。这里的“书面请求”虽未强制限定为“发函”，但发函是满足书面形式要求且能留存证据的规范方式。若股东以口头形式提出，公司可能以程序瑕疵为由拒绝，且后续维权时难以证明已履行前置程序。

2. 实践中的操作建议

   • 推荐发函：通过EMS邮寄书面申请函（留存邮寄凭证），或在公司办公场所当面提交并要求签收，均可有效固定“已提出书面请求”的证据。函件中需明确查阅目的（如“了解公司经营状况、核实财务数据”），避免目的不正当被公司拒绝。
     
   • 例外情形：若股东与公司关系融洽，或公司章程、股东协议中已约定更简便的查账流程（如通过内部系统直接申请），可依约定操作。但此类约定不得违反法律强制性规定（如剥夺股东查账权）。

3. 未发函的法律后果
   若股东未履行书面申请程序直接起诉要求查账，法院可能以“未穷尽内部救济”为由驳回起诉。但若公司已通过其他方式（如口头拒绝、拖延）明确表示拒绝，或股东能证明发函存在客观障碍（如公司无人签收），法院可能酌情放宽程序要求。

总结：发函申请是股东行使查账权的最稳妥方式，既能满足法律形式要求，又能为后续维权保留证据。若存在特殊情形，可结合实际情况选择其他书面形式，但需确保能证明“已提出正式请求”。如有进一步疑问，可直接向我咨询公司法相关问题。