注册公司偷税5000万，通常会被判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与量刑标准
根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条的规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。对于偷税漏税5000万的情况，由于数额特别巨大（根据《最高人民法院最高人民检察院关于办理危害税收征管刑事案件适用法律若干问题的解释》，逃避缴纳税款五百万元以上，且占各税种应纳税总额百分之十以上，应当认定为“数额特别巨大”），因此通常会被判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、具体判刑年限的影响因素
- 犯罪情节：具体的判刑年限还会受到犯罪情节的影响。例如，如果偷税行为涉及多个税种、多次实施或者手段特别恶劣，可能会加重刑罚。
- 悔罪表现：犯罪嫌疑人的悔罪表现也是量刑时的重要考虑因素。如果犯罪嫌疑人有自首、立功等从轻或减轻处罚的情节，或者能够积极补缴应纳税款、缴纳滞纳金并接受行政处罚，这可能会被视为悔罪表现的一部分，从而在量刑时予以考虑，减轻刑罚。
- 配合调查：积极配合税务机关或司法机关的调查工作，如实陈述事实、提供证据等，也可能对量刑产生积极影响。
三、特殊情况处理
- 补缴税款与免责：根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条的规定，如果企业在税务机关依法下达追缴通知后，能及时补缴应纳税款、缴纳滞纳金，并已受行政处罚，通常可不予追究刑事责任。但此免责条款不适用于五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚的企业。
- 单位与个人责任：对单位判处罚金的同时，还会对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行相应的处罚，确保法律责任的全面追究。
四、法律建议
- 严格依法纳税：企业和个人应严格遵守税法规定，按时足额缴纳税款，避免触碰法律红线。
- 及时补救措施：一旦发现存在逃税行为，应立即采取措施补缴税款、滞纳金，并主动接受行政处罚，以减轻或免除刑事责任。
- 寻求法律援助：面对复杂的税务问题或可能的法律风险，建议及时向我咨询，以确保合法权益得到有效保护。
综上所述，注册公司偷税5000万属于数额特别巨大的情况，通常会被判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。但具体的判刑年限还会受到犯罪情节、悔罪表现等因素的影响。因此，在面对此类问题时，建议及时寻求专业法律援助，以便更好地维护自身权益。