关于合同保证金的设置，这通常取决于具体的合同类型和行业规定。以下我将从招标投标交易保证金和工程建设领域农民工工资保证金两个方面，为您详细解答合同保证金的设置方法。
一、招标投标交易保证金设置
在招标投标活动中，保证金主要用于确保投标人或中标人能够按照合同约定履行其义务。根据国家发展改革委等部门发布的《关于完善招标投标交易担保制度进一步降低招标投标交易成本的通知》，招标投标交易保证金的设置应遵循以下原则：
担保形式多样化：招标人应当同时接受现金保证金和银行保函等非现金交易担保方式，并在招标文件中规范约定担保形式、金额或比例、收退时间等。
禁止强制现金保证金：依法必须招标项目的招标人不得强制要求投标人、中标人缴纳现金保证金。
推广保函（保险）：鼓励招标人接受担保机构的保函、保险机构的保单等其他非现金交易担保方式缴纳投标保证金、履约保证金、工程质量保证金。
规范保证金收取和退还：招标人、招标代理机构等应严格按照法律规定和招标文件约定，及时退还保证金，不得非法扣押、拖欠、侵占、挪用。
鼓励减免和差异化缴纳：对于政府投资项目，鼓励全面或阶段性停止收取投标保证金，或分类减免；对于非政府投资项目，鼓励根据项目特点和投标人诚信状况，在招标文件中明确减免投标保证金的措施。
二、工程建设领域农民工工资保证金设置
在工程建设领域，为依法保护农民工工资权益，施工总承包单位需要存储工资保证金。根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》，工资保证金的设置应遵循以下原则：
存储方式：施工总承包单位应当在工程所在地的银行存储工资保证金或申请开立银行保函。
存储比例：工资保证金按工程施工合同额（或年度合同额）的一定比例存储，原则上不低于1%，不超过3%。单个工程合同额较高的，可设定存储上限。对于在同一工资保证金管理地区有多个在建工程的施工总承包单位，存储比例可适当下浮。
免除存储条件：对于施工合同额低于300万元的工程，且该工程的施工总承包单位在签订施工合同前一年内承建的工程未发生工资拖欠的，各地区可结合实际免除该工程存储工资保证金。
奖惩机制：施工总承包单位存储工资保证金或提交银行保函后，根据其在工资保证金管理地区承建工程的工资拖欠情况，可享受降低存储比例或免除存储的优惠待遇；反之，则应提高存储比例。
综上所述，合同保证金的设置应根据具体合同类型和行业规定来确定，既要确保合同双方的权益得到保障，又要避免不必要的资金占用和成本增加。如果您有更具体的合同类型或行业背景需要了解，请提供更多信息以便我给出更精确的解答。