合约机单独付款是合法的，但具体是否选择单独付款以及付款方式的选择，需根据用户与运营商签订的合约条款来确定。以下是对此问题的详细分析：
合约机付款方式的合法性
合约机作为一种结合手机购买与运营商套餐服务的销售模式，其付款方式多样，包括一次性付款、分期支付及预存话费抵扣等。这些付款方式在法律上均是被认可的，只要用户与运营商在签订合约时，双方意思表示真实，且合约内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该合约就是有效的，用户按照合约约定的付款方式支付款项也是合法的。
单独付款的合法性及注意事项
单独付款的合法性：
- 如果合约条款中明确规定了用户可以选择单独付款（即一次性支付手机价款，而不与套餐费用捆绑支付），那么用户选择单独付款是完全合法的。
- 即使合约条款中没有明确提及单独付款，但只要运营商同意用户以单独付款的方式购买合约机，并签订了相应的补充协议或变更了原合约条款，那么这种付款方式也是合法的。
注意事项：
- 仔细阅读合约条款：用户在选择合约机及付款方式时，应仔细阅读合约条款，特别是关于费用、支付方式、返还规则及违约责任等方面的内容。确保自身充分理解并接受这些条款，以避免后续因误解或忽视而产生的纠纷和损失。
- 确认运营商的资质和信誉：用户应选择有良好资质和信誉的运营商进行合作，以降低购买风险。
- 保留相关证据：用户在办理合约机业务时，应妥善保留相关证据，如合约条款、付款凭证等，以便在发生纠纷时能够维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果用户未按照合约约定的付款方式支付款项，可能构成违约行为。根据合约条款的约定，用户可能需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 如果运营商存在欺诈、胁迫等违法行为，导致用户在不了解真实情况的情况下签订了合约或选择了不利的付款方式，用户有权依法撤销该合约或要求变更付款方式，并可能要求运营商承担相应的法律责任。
建议：用户在选择合约机及付款方式时，应根据自身的经济状况和信用状况合理选择付款方式，并确保能够按时履行合约义务。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以便获得更专业、更具体的法律建议。