若申请实现担保物权纠纷案件中被申请人不到庭，法院仍可依法缺席审理并作出裁决，但不同程序下具体处理方式存在差异。以下分情况详细说明：

1. 普通诉讼程序中的缺席处理
   若案件适用普通诉讼程序（如担保物权实现需通过诉讼确认权利），被申请人经传票传唤无正当理由拒不到庭的，法院可依法缺席审理。此时法院会基于申请人提交的证据材料（如主债权合同、担保合同、担保物权登记证明等）审查担保物权是否成立、债权金额是否明确等核心事实。若证据充分且符合法律规定，法院将支持申请人实现担保物权的请求，判决被申请人承担相应责任。

2. 特别程序中的缺席处理
   若申请人直接依据《民事诉讼法》第196-197条申请实现担保物权（非诉程序），法院受理后会进行形式审查。此时被申请人不到庭不影响法院对担保物权效力、债权范围等事实的认定。若审查后认为申请符合法律规定（如担保物权真实有效、债权到期未清偿等），法院将裁定准许拍卖/变卖担保财产，申请人可凭裁定书申请强制执行。需注意：特别程序实行一审终审，被申请人对裁定有异议的，需在收到裁定后15日内提出，否则裁定即生效。

3. 风险提示与实务建议

• 证据充分性：无论何种程序，申请人均需确保提交的证据完整、合法（如担保合同需双方签字盖章、抵押登记需完成法定手续等），否则可能因证据不足被驳回申请。
  
• 被申请人抗辩权：若被申请人到庭，可提出主债权不成立、担保物权已消灭（如债务已清偿）、担保范围与申请不符等抗辩。缺席审理可能导致其丧失当庭陈述、举证的机会，但法院仍会依职权审查证据真实性。
  
• 执行阶段风险：若法院支持申请并进入执行程序，被申请人仍不履行义务的，可能面临财产被强制拍卖、列入失信名单等后果。

总结：被申请人不到庭不会直接导致申请被驳回，但申请人需确保证据充分、程序合法。若您涉及此类纠纷，建议提前梳理证据材料（如合同、登记证明、债权凭证等），并关注法院送达的传票、裁定书等法律文书，避免因疏忽丧失权利。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。