结论：交通违法罚款已缴纳，但扣分不会因缴纳罚款而自动消除，需等待记分周期结束自动清零或通过特定途径处理（如学法减分）。以下为详细说明：
一、交通违法扣分的基本规则
根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》规定，交通违法行为的扣分与罚款是独立的处罚措施。缴纳罚款仅履行了经济处罚义务，不会影响已记录的扣分。例如：您因闯红灯被处200元罚款、扣3分，缴纳200元后，3分仍会记录在您的驾驶证上，需通过以下方式处理：
自然清零：
驾驶证的记分周期为12个月（从初次领证日期计算），一个周期内扣分未满12分的，到期自动清零。例如：您的记分周期为每年1月1日至12月31日，若2024年3月被扣3分，则2025年1月1日该3分自动消除。
学法减分（部分地区试点）：
通过交管部门指定的平台（如“交管12123”APP）参加交通安全学习并考试合格，每通过一次可减免1分，一个周期内最高减免6分。具体流程为：
二、特殊情况处理
扣分已满12分：
需在15日内参加交管部门组织的7天交通安全教育，并通过科目一考试（满分100分，90分合格）。若未按时处理，驾驶证将被暂扣，禁止驾驶机动车。
对扣分有异议：
若认为扣分存在错误（如被套牌、证据不足等），可在收到处罚决定书之日起60日内，向作出处罚的交管部门申请行政复议，或6个月内向法院提起行政诉讼。需提供证据（如行车记录仪视频、停车记录等）证明违法行为未发生或非本人所为。
三、建议与注意事项
及时查询记分情况：
通过“交管12123”APP或当地交管部门官网，定期查询驾驶证记分，避免因未及时处理导致满分学习或驾驶证被暂扣。
避免累积扣分：
若一个周期内扣分接近12分，建议谨慎驾驶，避免新增违法。例如：当前已扣9分，若再次被扣3分，将触发满分学习流程。
学法减分的适用性：
学法减分政策并非全国统一实施，部分地区可能未开通或对车型（如营运车辆）有限制。操作前建议先确认当地政策。
如有其他交通违法处理、驾驶证记分管理等问题，可直接向我咨询。