代理商违反公司制度，保证金能否退回需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
合同条款的约定：
- 首先，需查看代理商与公司签订的合同中，关于保证金退还的具体条款。如果合同中明确规定了代理商在违反公司制度时，保证金将不予退还，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权依据合同条款拒绝退还保证金。
- 反之，如果合同中没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突，那么公司不能单方面依据合同条款拒绝退还保证金。
代理商违反公司制度的性质和程度：
- 代理商违反公司制度的性质和程度也会影响保证金的退还。如果代理商的违规行为轻微，且未对公司造成实际损失，公司可能会考虑退还部分或全部保证金。
- 如果代理商的违规行为严重，如严重违反公司规章制度、损害公司利益等，公司可能会依据合同条款或相关法律法规，拒绝退还保证金，并可能要求代理商承担额外的赔偿责任。
法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为应当遵循公平、诚实信用的原则。如果公司拒绝退还保证金的行为违反了这些原则，或者违反了法律法规的强制性规定，那么代理商有权通过法律途径维护自己的权益。
- 具体来说，如果代理商认为公司拒绝退还保证金的行为违法或不合理，可以寻求法律援助，通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。
法律建议：
- 对于代理商而言，在签订合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于保证金退还的部分，确保自己的权益得到保障。
- 如果代理商违反了公司制度，应积极与公司沟通，了解公司的处理意见，并尝试通过协商解决问题。
- 如果公司拒绝退还保证金，且代理商认为公司的行为违法或不合理，可以咨询专业律师，通过法律途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果公司拒绝退还保证金的行为合法合规，且代理商无法提供充分证据证明公司的行为违法或不合理，那么代理商可能需要承担保证金无法退还的后果。
- 如果代理商能够通过法律途径证明公司的行为违法或不合理，那么公司可能需要退还保证金，并可能承担额外的赔偿责任。
总之，代理商违反公司制度时保证金的退还问题需根据合同条款、违规行为的性质和程度以及法律法规的规定来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。