结论：股东出资期限的确定，需根据具体情况判断是遵循新公司法规定的五年认缴期限，还是依据判决书来确定。这主要取决于判决书的性质、内容以及新公司法的适用情况。以下从不同角度进行分析：
一、判决书对出资期限的明确规定
判决书具有法律效力：如果判决书已经明确规定了股东的出资期限，并且该判决已经生效，那么股东应当按照判决书规定的期限履行出资义务。这是因为判决书是法院根据事实和法律作出的具有法律效力的文书，对当事人具有约束力。
判决书与新公司法的关系：新公司法规定的五年认缴期限，是对公司设立和运营过程中股东出资期限的一般性规定。然而，当判决书已经对股东出资期限作出明确规定时，该规定将优先于新公司法的一般性规定适用。这是因为特别法优于普通法的原则，在法律适用中，特别规定（如判决书）将优先于一般规定（如新公司法）适用。
二、新公司法对出资期限的规定
新公司法的适用范围：新公司法规定的五年认缴期限，适用于公司设立和运营过程中，股东未通过其他法律文书（如判决书）明确约定出资期限的情况。在这种情况下，股东应当按照新公司法的规定，在五年内完成认缴出资。
新公司法与判决书的衔接：如果在新公司法实施前，股东的出资期限已经通过判决书确定，并且该判决已经生效，那么新公司法的实施不会改变这一出资期限。然而，如果在新公司法实施后，股东之间或股东与公司之间因出资期限产生争议，并且该争议未通过判决书或其他法律文书解决，那么应当适用新公司法的规定。
三、特殊情况下的处理
判决书与新公司法冲突时的处理：如果判决书规定的出资期限与新公司法规定的五年认缴期限存在冲突，并且该判决是在新公司法实施前作出的，那么股东应当首先履行判决书规定的出资义务。然而，如果股东认为判决书的规定与新公司法相悖，且该判决存在错误或需要变更，股东可以通过法律途径（如申请再审或提起新的诉讼）来寻求解决。
新公司法实施后的新情况：如果在新公司法实施后，股东之间或股东与公司之间因出资期限产生新的争议，并且该争议未通过判决书或其他法律文书解决，那么应当直接适用新公司法的规定。在这种情况下，股东应当按照新公司法的规定，在五年内完成认缴出资。
建议：股东在面临出资期限问题时，应当首先审查是否存在已经生效的判决书或其他法律文书对出资期限作出了明确规定。如果存在这样的文书，股东应当按照文书的规定履行出资义务。如果不存在这样的文书，或者文书的规定与新公司法存在冲突且需要变更，股东应当咨询专业律师，通过法律途径来寻求解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的解答。