协议中约定工资不含个人所得税的条款，在法律上是有效的，但该条款不能免除用人单位作为法定扣缴义务人的责任。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则的角度
   根据《中华人民共和国民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同条款即具有法律效力。因此，用人单位与劳动者在协议中约定“工资不含个人所得税”，本质上是双方对税后工资数额的确认，属于意思自治范畴，该条款本身合法有效。

2. 税收法定原则的角度
   根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人。这意味着：

   • 纳税义务主体：劳动者是个人所得税的法定纳税人，需依法申报缴纳个人所得税；
     
   • 扣缴义务主体：用人单位作为支付工资的单位，是法定扣缴义务人，必须按照税法规定代扣代缴个人所得税。
     因此，协议中“工资不含个人所得税”的条款不能改变用人单位的法定扣缴义务。若用人单位未履行代扣代缴义务，可能面临税务机关的行政处罚（《税收征收管理法》第六十九条）。

3. 条款实际效力的角度

   • 对劳动者的效力：该条款仅明确工资数额为税后金额，劳动者实际到手工资不受影响，但劳动者仍需自行履行纳税申报义务（如年度综合所得汇算清缴）；
     
   • 对用人单位的效力：用人单位需按税法规定计算应代扣代缴的税款，并从协议约定的“不含税工资”中扣除后缴纳。若因条款表述不清导致用人单位未足额代扣代缴，可能引发税务风险。
     示例：若协议约定“月薪1万元（不含税）”，用人单位需根据税法计算应代扣的个人所得税（如假设应纳税额为500元），实际支付劳动者9500元，并代缴500元税款。

4. 风险提示

   • 用人单位风险：若协议未明确税款计算方式或用人单位未履行代扣义务，税务机关可能要求用人单位补缴税款及滞纳金，甚至处罚；
     
   • 劳动者风险：若劳动者未自行申报纳税（如有多处收入未合并申报），可能面临税务机关追缴税款、滞纳金及罚款。

建议：

• 用人单位在协议中应明确工资为税前或税后金额，并约定税款计算方式（如“月薪1万元，用人单位代扣个人所得税后实际支付”）；
  
• 劳动者需关注工资条中的扣税项目，确保用人单位已依法代扣代缴，并自行履行年度汇算清缴义务。
  

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