在贪污案件中，若部分贪污款项系因公务支出，法院在追缴赃款时，通常不会直接扣除该部分公务支出款项，但会综合考虑案件具体情况，包括行为人的主观恶性、贪污数额、退赃情况等因素，来决定最终的追缴数额和刑事处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
贪污罪的构成：贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。其核心在于非法占有公共财物，而非合法使用或支出。
追缴赃款的原则：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。这一原则强调了追缴赃款的全面性和无条件性，即不论赃款是否已被使用或支出，均应追缴或退赔。
二、公务支出与贪污款项的区分
公务支出的性质：公务支出是指国家工作人员在履行职务过程中，为了公共利益而进行的必要支出。这种支出是合法的，且通常会有相应的财务记录和审批程序。
贪污款项与公务支出的界限：在贪污案件中，如果行为人将部分贪污款项用于公务支出，这并不能改变其贪污行为的性质。因为贪污行为本身已经构成了对公共财物的非法占有，而后续的公务支出只是贪污款项的一种使用方式，并不能成为免除或减轻刑事责任的理由。
三、法院追缴赃款的实践
追缴数额的确定：法院在追缴赃款时，会首先确定行为人贪污的总数额，然后根据案件具体情况，包括行为人的主观恶性、贪污数额、退赃情况等因素，来决定最终的追缴数额。如果行为人能够证明部分贪污款项确实用于了公务支出，且该支出是合法且必要的，法院可能会在追缴数额上给予一定的考虑，但通常不会直接扣除该部分款项。
刑事处罚的考量：除了追缴赃款外，法院还会根据行为人的贪污数额、情节严重程度等因素，依法判处相应的刑事处罚。即使部分贪污款项用于了公务支出，也不能成为免除或减轻刑事处罚的理由。然而，如果行为人能够积极退赃、认罪悔罪，法院可能会在量刑时给予一定的从宽处理。
四、特殊情况下的处理
全额退赃与认罪悔罪：如果行为人能够全额退赃，并表现出真诚的认罪悔罪态度，法院可能会在量刑时给予更大的从宽处理。但这并不意味着公务支出部分可以直接扣除，而是作为量刑时的一个考虑因素。
公务支出的合法性证明：如果行为人主张部分贪污款项用于了公务支出，并希望法院在追缴数额上给予考虑，那么行为人需要提供充分的证据来证明该支出的合法性和必要性。这通常包括相关的财务记录、审批文件等。
总结来说，在贪污案件中，若部分贪污款项系因公务支出，法院在追缴赃款时通常不会直接扣除该部分款项。但法院会综合考虑案件具体情况，包括行为人的主观恶性、贪污数额、退赃情况等因素，来决定最终的追缴数额和刑事处罚。如果您或您身边的人涉及此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。