当检察院对案件作出存疑不诉决定时，被害人可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
申诉权利：
- 申诉途径：被害人若不服检察院的存疑不起诉决定，可在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院提出申诉，请求提起公诉。这是被害人对检察院决定不服时的重要救济途径。
- 申诉处理：上一级人民检察院应进行复查，并将复查结果告知被害人。若复查认为原不起诉决定确有错误，应撤销原决定，并指令下级人民检察院提起公诉。
自诉权利：
- 自诉条件：除了申诉外，被害人亦可选择不经申诉，直接向人民法院提起自诉。自诉案件是指被害人或其法定代理人直接向人民法院提起诉讼，由人民法院直接受理的轻微刑事案件。
- 自诉程序：被害人向人民法院提起自诉时，应提交自诉状及相关证据材料。人民法院将按照自诉案件的程序进行审理，并根据审理结果作出判决。
民事赔偿请求：
- 赔偿依据：因被不起诉人的行为遭受物质损失的，被害人有权通过民事诉讼要求民事赔偿。这是被害人因犯罪行为遭受经济损失时的重要救济方式。
- 赔偿程序：被害人可以向人民法院提起民事诉讼，要求被不起诉人赔偿因犯罪行为造成的物质损失。人民法院将根据民事诉讼法的规定进行审理，并作出判决。
国家赔偿申请：
- 申请条件：若被害人因错误羁押或其他非法行为遭受损失，且该损失与检察院的存疑不起诉决定有关，被害人有权申请国家赔偿。
- 申请程序：被害人可以向作出存疑不起诉决定的检察院提出国家赔偿申请，并提供相关证据材料。检察院将依法进行审查，并作出是否赔偿的决定。
在采取上述措施时，被害人需要注意以下几点：
- 及时行使权利：被害人应在法定期限内行使申诉、自诉等权利，以免因超过期限而丧失救济机会。
- 准备充分证据：在申诉、自诉或申请国家赔偿时，被害人应准备充分的证据材料，以支持自己的主张。
- 遵循法律程序：被害人应遵循法律程序进行申诉、自诉或申请国家赔偿，确保自己的行为合法有效。
此外，存疑不诉决定并非案件的彻底终结。若检察院后来发现新证据且符合起诉条件，可提起公诉。同样，侦查机关若发现新证据材料，也可重新移送检察院审查起诉。因此，被害人应保持关注，及时了解案件进展，以便在必要时采取进一步措施维护自己的合法权益。
最后，建议被害人在处理此类案件时咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于劳动纠纷、交通事故、房产纠纷、医疗纠纷、行政纠纷、刑事辩护、合同纠纷、经济纠纷等领域，能够为您提供专业的法律意见），以确保自己的权益得到充分保障。