磋商结束之后，磋商文件合同在特定条件下是可以修改的，但必须遵循相关法律法规和合同约定，且不得损害国家、集体或第三人的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、不可随意修改的情况及原因
合同严肃性：
- 磋商文件合同一旦签订，即具有法律效力，双方应严格按照合同条款履行。合同条款的修改不是随意的，而是需要基于特定的条件和程序。
法律的强制性规定：
- 根据相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的规定，合同的变更必须基于双方协商一致，且不得违反法律的强制性规定。如果磋商文件合同中明确约定了不可修改的条款，或者修改条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款是不能被修改的。
二、可以修改的特殊情况及程序
特殊情况：
- 双方协商一致：如果双方在磋商结束后，就合同条款的修改达成了一致意见，且修改内容不违反法律法规的强制性规定，那么是可以对合同进行修改的。
- 不可抗力等客观因素：如遇不可抗力、政策调整等导致合同无法按原条款履行的情况，双方可根据实际情况协商修改合同条款。
- 合同中约定了可变更条款：如果磋商文件合同本身约定了可修改的情形和程序，当满足条件时，可按约定程序修改。
修改程序：
- 协商一致：双方需就修改内容进行充分协商，并达成一致意见。这是修改合同条款的前提和基础。
- 书面形式：修改合同条款应采用书面形式，明确修改内容、原因及生效时间，并由双方签字或盖章确认。这是为了确保修改的合法性和有效性。
- 备案或审批：根据具体项目规定或合同约定，可能需要将修改后的合同条款报相关部门备案或审批。特别是涉及政府投资项目或特定行业的合同，可能需要遵循更严格的程序。
三、修改合同条款的注意事项
合法合规：
- 任何修改都不能违反法律法规的强制性规定，否则修改可能无效，甚至可能引发法律纠纷。
公平原则：
- 修改应遵循公平原则，不得损害任何一方的合法权益。如果修改对一方不利，应给予合理补偿或调整，以确保合同的公平性和合理性。
明确修改内容：
- 在修改合同条款时，应明确修改的具体内容、原因及生效时间，避免产生歧义或误解。
举例说明：
假设甲乙双方在磋商结束后签订了一份买卖合同，约定了货物的价格、数量、交付时间等条款。后来，由于市场价格波动，双方协商一致决定修改货物价格条款。在这种情况下，只要修改内容不违反法律法规的强制性规定，且双方已就修改内容达成一致意见并采用书面形式确认，那么这种修改是合法的。
总结与建议：
磋商结束之后，磋商文件合同的修改并非随意进行，而是需要在严格遵守法律法规和合同约定的基础上，通过双方协商一致，并按照规定的程序进行。如果你在修改合同条款过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。