农村农用工程完工后工程款的结算时间，需根据合同约定、工程性质及法律规定综合判断，具体如下：

1. 合同有明确约定时，以合同为准
   若双方签订的书面合同中明确约定了工程款支付时间（如“验收合格后30日内支付”或“分阶段支付”），则应优先按合同履行。这是最直接、最有效的结算依据，双方均需遵守。
   例如：合同约定“工程完工并验收合格后15日内支付全部款项”，则业主方应在验收通过后的15日内完成支付。

2. 合同未约定或约定不明时，可参考以下规则

   • 验收合格后支付：若合同未明确时间，但工程已通过验收（如村委会、农业部门或第三方机构出具的验收报告），业主方应在验收合格后合理期限内支付。根据《民法典》第511条，“履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但应当给对方必要的准备时间”。实践中，通常以15-30日为合理期限。
     
   • 未验收但已实际使用：若工程未验收，但业主方已实际投入使用（如灌溉系统已通水、道路已通行），可视为业主方默认工程合格，此时可要求支付工程款，但需留存使用证据（如照片、视频、证人证言等）。
     
   • 分期支付或进度款：若工程分阶段施工（如地基、主体、收尾），可按完成比例分阶段结算。例如，完成50%工程量时支付50%款项，剩余部分验收后支付。

3. 特殊情况下的结算时间

   • 政府补贴或财政资金项目：若工程涉及政府补贴（如高标准农田建设），需等待财政资金到位后支付。此时需关注补贴申请进度，并要求业主方提供资金到位证明。
     
   • 业主方拖延验收：若业主方无正当理由拖延验收，可书面催告其限期验收，并保留催告证据。逾期未验收的，可主张按合同约定或实际完成情况结算。
     
   • 质量问题争议：若业主方以质量问题拒付工程款，需区分责任。若质量问题由施工方造成，需修复后结算；若非施工方责任（如设计缺陷、材料问题），则业主方仍需支付。

建议：

• 签订书面合同，明确支付时间、验收标准及违约责任（如逾期付款的利息或违约金），避免口头约定。
  
• 施工过程中保留进度证据（如施工日志、照片、签证单），验收后及时要求出具书面验收报告。
  
• 若遇拖欠，可先协商；协商不成，可向法院起诉或申请仲裁（需合同中有仲裁条款），并主张工程款及逾期利息。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。