政府职能部门在特定情况下确实可以成为被告。这主要发生在行政诉讼中，当公民、法人或其他组织认为政府职能部门的行政行为侵犯了其合法权益时，有权依法向人民法院提起诉讼，此时作出该行政行为的政府职能部门即成为被告。以下是对这一问题的详细分析：
一、政府职能部门作为被告的具体情形
作出具体行政行为：
- 政府职能部门实施的行政处罚（如罚款、吊销许可证等）、行政强制（如查封、扣押财产等）以及行政许可（如颁发许可证、执照等）等具体行政行为，若被认为侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益，则作出这些行为的政府职能部门将成为被告。
- 实例：某企业因市场监督管理局的罚款处罚不服而提起诉讼，该市场监督管理局即为被告。
行政复议后被起诉：
- 经过行政复议的案件，若复议机关维持原行政行为，则原政府职能部门和复议机关共同成为被告；若复议机关改变了原行政行为，则复议机关单独成为被告。
- 实例：张某对公安局的行政拘留处罚不服并申请行政复议，上级公安机关维持原决定后，张某提起诉讼，此时公安局和上级公安机关均为被告。
委托行政行为：
- 政府职能部门委托的组织所实施的行政行为，若引发诉讼，则委托的政府职能部门应作为被告。
- 实例：某社会组织受政府职能部门委托进行执法检查，其作出的行政行为被诉，则委托该社会组织的政府职能部门为被告。
政府职能部门不作为：
- 政府职能部门负有法定职责却未履行或拖延履行，导致公民、法人或其他组织的合法权益受损，也可能成为被告。
- 实例：公民申请政府职能部门颁发许可证，但政府职能部门未在法定期限内作出决定，公民因此提起诉讼，该政府职能部门即为被告。
二、政府职能部门不会成为被告的情形
- 民事行为：政府职能部门以平等主体身份参与的民事活动（如购买办公用品、租赁办公场所等）不属于行政行为，由此产生的纠纷应通过民事诉讼解决，政府职能部门在此类情况下不是行政诉讼的被告。
- 内部管理行为：政府职能部门对其内部工作人员的奖惩、任免等内部管理行为，一般不属于行政诉讼的受案范围，内部工作人员对这些行为不服不能通过行政诉讼解决。
三、特殊情况说明
对于国务院这一特殊主体，虽然其法律地位与职能具有特殊性，且一般情况下不会成为行政诉讼的被告，但在特定情形下，如国务院直接作出针对特定公民、法人或其他组织的具体行政行为，并且相对人对该行政行为不服提起行政诉讼时，国务院是有可能成为被告的。不过，这种情况在实际操作中非常罕见。
总结：政府职能部门在行政诉讼中能否成为被告，主要取决于其行为是否属于可诉的行政行为，并且是否侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益。对于符合上述条件的行政行为，公民、法人或其他组织有权依法提起诉讼，要求政府职能部门承担相应的法律责任。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。