若二类医疗器械在飞行检查（飞检）中被判定造假，企业将面临严厉的行政处罚、可能的刑事责任以及信用惩戒等后果，具体处理方式及后果如下：
行政处罚
- 依据：根据《医疗器械监督管理条例》等相关法规，若企业存在生产、经营未经注册的二类医疗器械，或生产、经营说明书、标签不符合规定的二类医疗器械，以及未按照经注册的产品技术要求组织生产等行为，均可能被认定为造假。
- 处罚措施：
- 责令改正，没收违法生产、经营的产品和违法所得。
- 违法生产经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处5万元以上15万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额15倍以上30倍以下罚款。
- 情节严重的，责令停产停业，10年内不受理相关责任人及单位提出的医疗器械许可申请，对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款，终身禁止其从事医疗器械生产经营活动。
刑事责任
- 依据：若企业的造假行为构成犯罪，如生产、销售不符合标准的医用器材罪，将依法追究刑事责任。
- 处罚措施：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，生产不符合保障人体健康的国家标准、行业标准的医疗器械、医用卫生材料，或者销售明知是不符合保障人体健康的国家标准、行业标准的医疗器械、医用卫生材料，足以严重危害人体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。
- 对人体健康造成严重危害的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。
- 后果特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。
信用惩戒与行业禁入
- 信用惩戒：企业及其相关责任人的违法行为将被记入信用档案，实施联合惩戒，影响企业的市场声誉和融资能力。
- 行业禁入：对于情节严重的违法行为，相关责任人可能面临终身禁止从事医疗器械生产经营活动的处罚，这将对其职业生涯产生严重影响。
整改与召回
- 整改要求：企业需立即停止违法行为，对存在的问题进行整改，并提交整改报告给监管部门。
- 召回义务：若已上市的医疗器械存在安全隐患，企业需按照《医疗器械召回管理办法》的规定，主动召回相关产品，以消除潜在风险。
建议：面对飞检判定造假的情况，企业应积极配合监管部门的调查，主动承担责任，并采取有效措施进行整改。同时，企业应加强内部管理，完善质量控制体系，确保生产经营活动的合法性和合规性，以避免类似问题的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。