甲方让招标代理扣住中标通知书的行为，通常是违法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律角度
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十五条，中标人确定后，招标人应当向中标人发出中标通知书，并同时将中标结果通知所有未中标的投标人。中标通知书对招标人和中标人具有法律效力。中标通知书发出后，招标人改变中标结果的，或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。
- 这意味着，一旦中标通知书发出，即具有法律效力，招标人（包括甲方）和招标代理机构均无权随意扣留或更改。
招标代理机构的职责：
- 招标代理机构是受招标人委托，负责招标活动的专业机构。其职责包括编制招标文件、组织开标、评标、定标等，并在中标结果确定后，协助招标人发出中标通知书。
- 招标代理机构无权自行决定扣留中标通知书，除非得到招标人的明确指示，且该指示本身不违反法律法规。但即便如此，招标人也无权违法指示招标代理机构扣留中标通知书。
二、实际操作与后果角度
扣留中标通知书的后果：
- 如果甲方让招标代理扣住中标通知书，这可能导致中标人无法及时得知中标结果，进而影响其准备合同、安排生产或服务等后续工作。
- 此外，这种行为还可能引发法律纠纷，中标人可能会因此向招标人或招标代理机构提起诉讼，要求赔偿因扣留中标通知书而造成的损失。
合法合规的操作方式：
- 如果甲方对中标结果有异议或认为存在违规行为，应当通过合法途径提出质疑或投诉，而不是通过扣留中标通知书的方式来解决问题。
- 例如，甲方可以向相关监管部门投诉，或者依据招标文件中的争议解决条款，通过仲裁或诉讼等方式来维护自己的权益。
三、建议与风险提示
对甲方的建议：
- 甲方应当严格遵守法律法规和招标文件的规定，不得违法指示招标代理机构扣留中标通知书。
- 如果对中标结果有异议，应当通过合法途径提出，并积极配合相关部门的调查和处理工作。
对中标人的风险提示：
- 中标人在收到中标通知书后，应当及时与招标人联系，确认合同签订等后续事宜。
- 如果发现招标人或招标代理机构存在违法扣留中标通知书等行为，应当及时向相关监管部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，甲方让招标代理扣住中标通知书的行为通常是违法的，并可能引发一系列不良后果。因此，建议各方在招标投标活动中严格遵守法律法规和招标文件的规定，确保招标投标活动的公平、公正和公开。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。