结论：变更施工单位后未重新办理施工许可证，属于违法施工行为，将面临行政处罚、项目风险及信用影响等多重法律后果。以下从法律定性、处罚措施、应对措施及法律风险规避建议四个方面进行详细分析：
一、法律定性
根据《中华人民共和国建筑法》第七条，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。变更施工单位后，原施工许可证已失效，必须重新办理。未重新办理即开工的，属于违法施工行为。
二、处罚措施
行政处罚：
- 责令停工：住建部门有权责令违法施工的项目立即停工，直至取得合法施工许可证。
- 罚款：根据违法情节，可处以工程合同价款1%-2%的罚款。例如，若工程合同价款为1000万元，则罚款金额可能在10万元至20万元之间。
项目风险：
- 无法办理竣工验收：未取得施工许可证的项目，无法通过竣工验收，进而影响产权登记及后续使用。
- 强制拆除：在极端情况下，若项目存在严重安全隐患或违法情节恶劣，可能面临强制拆除的风险。
信用影响：
三、应对措施
立即停工并自查：
- 确认是否具备补办条件，如用地批准、规划许可等前置文件是否齐全。
- 若属“边报边建”，需评估已完工程量占比及合规性，以便制定后续策略。
补办流程：
- 材料准备：包括立项批文、用地规划证、工程规划证、中标通知书、施工图审查合格书等。
- 申请途径：向工程所在地县级以上住建部门提交申请，通常需5-10个工作日审核。
- 特殊项目：涉及消防、环保等专业工程的，需同步取得相关部门审批。
沟通协调：
- 向建设单位明确责任划分，通常由建设单位负责办理施工许可证。
- 若因甲方原因导致延误，可依据合同约定主张工期顺延或费用补偿。
四、法律风险规避建议
合同条款完善：
- 在施工合同中明确约定施工许可证办理主体及期限，避免责任转嫁。
- 增加“若因证件不全导致停工，损失由责任方承担”条款，以明确风险分担。
过程留痕管理：
- 保存催告建设单位办证的书面函件、会议纪要等证据，以便在纠纷时举证。
- 对甲方口头承诺进行录音或邮件确认，防止纠纷时举证困难。
合规经营意识：
- 建立项目前期合规审查机制，避免因急于进场而忽视法定程序。
- 定期关注地方政策变化，如部分地区推行“告知承诺制”简化审批流程，可及时利用政策红利。
总结：变更施工单位后未重新办理施工许可证，将面临严重的法律后果。建议施工单位立即停工并自查，尽快补办施工许可证，同时加强合同管理、过程留痕管理及合规经营意识，以规避法律风险。如有任何疑问或需要进一步协助，可直接向我咨询。