当行政赔偿申请审核后认为不是赔偿主体时，可以这样答复申请人：
首先，应当直接、明确地告知申请人，经过审核，其申请的行政赔偿事项中，本机关（或本部门）并非适格的赔偿义务主体。同时，详细阐述审核过程中依据的相关法律法规、政策文件以及具体事实，说明为何认定本机关不是赔偿主体。例如，可以说明：“根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，以及您所申请赔偿的具体事项和事实，经审核，我们认为本机关并非该赔偿事项的适格赔偿义务主体。具体而言，……（此处详细阐述理由）。”
在告知申请人本机关不是赔偿主体的同时，如果可能的话，应当尽量为申请人提供正确的赔偿义务主体的信息或指引。这有助于申请人及时、有效地维护自己的合法权益。例如，可以说明：“虽然本机关不是该赔偿事项的赔偿义务主体，但根据我们的了解，……（此处说明正确的赔偿义务主体，如其他行政机关、事业单位等）可能是您应当寻求赔偿的对象。建议您向该主体提出赔偿申请，并按照其要求提供相关材料。”
如果申请人对审核结果有异议，或者认为自己的合法权益确实受到了侵害但不知道如何寻求救济，应当在答复中告知其可以采取的法律救济途径。例如，可以说明：“如果您对本审核结果有异议，或者认为您的合法权益确实受到了侵害但不知道如何寻求救济，您可以根据《中华人民共和国行政复议法》或《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向有管辖权的行政复议机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。”
在答复过程中，应当保持耐心和细致，对申请人的疑问和不解进行充分的解释和说明。如果申请人对答复内容仍有疑问或需要进一步的法律帮助，应当鼓励其继续提问或寻求专业法律咨询。例如，可以说明：“如果您对上述答复内容有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我们提问或咨询专业律师。我们将尽力为您提供帮助和支持。”
示例答复：
“尊敬的申请人：
您好！关于您提出的行政赔偿申请，经过我们认真审核，现答复如下：
根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，以及您所申请赔偿的具体事项和事实，经审核，我们认为本机关并非该赔偿事项的适格赔偿义务主体。具体而言，……（此处详细阐述理由）。
虽然本机关不是赔偿义务主体，但根据我们的了解，……（此处说明正确的赔偿义务主体）可能是您应当寻求赔偿的对象。建议您向该主体提出赔偿申请，并按照其要求提供相关材料。
如果您对本审核结果有异议，或者认为您的合法权益确实受到了侵害但不知道如何寻求救济，您可以根据《中华人民共和国行政复议法》或《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向有管辖权的行政复议机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。
如果您对上述答复内容有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我们提问。我们将尽力为您提供帮助和支持。”
希望以上答复能够对您有所帮助。如果您有任何其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。