确认合作公司签章公章真伪，可通过以下几种方式综合判断：

1. 直接观察法：

   • 观察公章外观：真公章通常制作精细，边缘光滑，印文清晰，颜色均匀。而假公章可能制作粗糙，边缘有毛刺，印文模糊或颜色不均。
   • 核对公章信息：查看公章上的公司名称、注册号、公章编号等信息是否与合作公司提供的营业执照、公章备案证明等文件一致。

2. 查询公章备案信息：

   • 访问官方网站：许多地区的公安机关都提供了公章备案查询服务，可以通过访问当地公安机关的官方网站或相关政务服务平台，输入公章编号或公司名称等信息进行查询。
   • 电话查询：也可以拨打当地公安机关的咨询电话，提供公章编号或公司名称等信息，询问公章是否已备案及备案信息是否真实。

3. 要求合作公司提供公章备案证明：

   • 索要证明文件：在签订合作协议前，可以要求合作公司提供公章的备案证明文件，如公章备案卡、公章刻制证明等。
   • 核对证明文件：仔细核对证明文件上的信息是否与合作公司提供的公章一致，以及证明文件是否由权威机构出具。

4. 通过第三方机构验证：

   • 选择可靠机构：可以选择一些具有公章验证服务的第三方机构进行验证，这些机构通常具有专业的技术和设备，能够更准确地判断公章的真伪。
   • 了解验证流程：在向第三方机构提交验证申请前，应了解其验证流程、费用及所需时间等信息，以便做出合理的选择。

5. 法律途径验证：

   • 在合同中约定：在签订合作协议时，可以在合同中明确约定公章真伪的验证方式及责任承担等条款，以便在出现争议时能够依法维权。
   • 寻求法律援助：如果怀疑合作公司使用的公章为假，且无法通过上述方式验证其真伪，可以寻求法律援助，通过法律途径解决争议。