保密要害部门在遵循的原则上，主要依据的是分级确定原则和最小化原则，同时实行“谁主管、谁负责”的管理责任制。以下是对这些原则的详细阐述：

一、分级确定原则：

这一原则体现了保密管理的层次性和权威性。具体来说，中央和国家机关及直属单位的保密要害部门部位由各自机关单位确定，并需报国家保密行政管理部门确认；省级机关及直属单位的保密要害部门部位同样由各自机关单位确定，但需报所在省（区、市）保密行政管理部门确认，并报国家保密行政管理部门备案；对于中央和国家机关下属单位以及省级以下机关单位，其保密要害部门部位的确定则需报中央和国家机关保密工作机构或省（区、市）保密行政管理部门审核确认。

二、最小化原则：

最小化原则要求保密要害部门或部位应当是涉及国家秘密事项的最小行政单位或最直接、最小的专用、独立、固定场所。这意味着，在确定保密要害部门时，应尽可能将范围限定在最基层的内设机构，这些机构直接产生、传递、使用和管理国家秘密。同样，保密要害部位应是集中制作、存储、保管国家秘密载体的最小场所，以确保秘密的安全和保密性。

三、“谁主管、谁负责”原则：

这一原则强调了保密管理的责任性和主体性。保密要害部门、部位要严格按照标准和程序确定，并明确责任人和管理职责，做到严格管理、责任到人、严密防范、确保安全。这要求机关、单位的保密委员会负责确定和调整本机关、本单位的保密要害部门部位，保密工作机构则负责具体组织和督办，而内设各部门则负责确定工作的具体落实。

综上所述，保密要害部门在遵循的原则上体现了保密管理的科学性、层次性和责任性。这些原则的实施有助于确保国家秘密的安全和保密性，防止秘密的泄露和损害。同时，也要求机关、单位在日常工作中不断加强保密管理，提高保密意识，确保各项保密制度的有效执行。