房屋买卖协议中缺失条款，可以用笔填写，但需注意合法性、规范性和效力确认问题。具体分析如下：

1. 合法性角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，一般包括当事人信息、标的、数量、质量、价款、履行期限、违约责任等条款。若协议缺失部分条款（如付款方式、交付时间、违约责任等），双方可通过书面补充协议或直接在原协议上用笔填写完善，只要内容不违反法律强制性规定（如禁止流通物买卖、规避税费等），补充行为合法有效。
   例外：若协议已明确约定“本协议未尽事宜需双方另行签订书面补充协议”，则直接手写填写可能因违反约定程序而效力存疑，需结合具体条款判断。

2. 规范性角度

   • 填写要求：手写部分需由双方签字或捺印确认，且填写内容应清晰、无歧义。若涉及关键条款（如价款变更），建议同时注明填写日期，避免后续争议。
     
   • 格式建议：若协议为打印文本，手写部分可标注“以下手写内容与打印内容具有同等法律效力”，并由双方签字确认，以增强证明力。
     
   • 避免单方填写：若仅一方手写填写未获对方确认，可能被认定为单方修改，导致条款无效。

3. 效力确认角度

   • 双方认可：手写条款需经双方协商一致，若一方事后否认，需通过其他证据（如聊天记录、录音等）证明填写行为系双方真实意思表示。
     
   • 公证或见证：为增强效力，可对补充内容办理公证或由第三方见证（如律师、居委会），降低举证风险。
     
   • 与备案协议一致：若协议需备案（如商品房买卖合同），手写内容需与备案版本一致，否则可能影响合同登记效力。

操作建议：

1. 优先通过补充协议形式完善条款，避免直接手写修改；
   
2. 若必须手写，确保双方签字、捺印，并保留填写过程的证据（如拍照、录像）；
   
3. 涉及重大利益（如价款调整、产权过户时间）时，建议咨询律师审核条款合法性及风险。
   

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