爸爸有案底一般不可以报军校。具体分以下两种情况详细说明：

1. 如果案底是刑事犯罪：根据相关规定，直系亲属有刑事犯罪记录会影响到子女的政审环节，从而导致子女无法报考军校。军校政审相对严格，不仅考察考生本人，还会考察考生的直系亲属。若考生的直系亲属存在刑事犯罪记录，则考生政审不通过，无法报考军校。
2. 如果案底是民事纠纷：民事纠纷一般不会影响子女报考军校，因为此类案底不属于刑事犯罪，不会影响子女的政审环节。但如果是正在进行的民事诉讼或者已经结案的民事诉讼，且涉及到子女需要政审的报考，可能会在一定程度上影响子女的政审，进而影响子女报考军校。

综上所述，爸爸有案底是否影响报考军校，需具体看案底的性质以及军校的招生规定。如仍有疑问，可以咨询我，我擅长处理此类涉及政审的法律问题。