交强险在赔偿护理费时仅赔付50天而非90天，主要原因是交强险的分项赔偿限额限制以及事故责任比例的划分。具体分析如下：

1. 交强险的分项赔偿限额
   交强险（机动车交通事故责任强制保险）的赔偿是分项进行的，其中医疗费用赔偿限额为18000元（含医疗费、住院伙食补助费、营养费、护理费等）。若护理费90天的总金额超过该限额，超出部分需由商业险或责任方按比例承担。但您提到“只有交强险”，说明无商业险补充，此时超出部分需按责任比例分担。

2. 事故责任比例的影响
   您主责、对方次责（通常按7:3或8:2划分），交强险在限额内全额赔偿后，剩余护理费需由双方按责任比例承担。例如：

   • 若90天护理费总额为18000元（假设刚好达到交强险医疗限额），则交强险赔满50天后，剩余40天的费用需您承担70%、对方承担30%。
     
   • 若50天护理费已接近或超过18000元限额，交强险会优先赔满限额，剩余部分按责任比例分担，可能导致实际赔付天数看似“不足90天”。

3. 护理期合理性的审核
   保险公司可能对护理期提出异议，认为90天过长，要求通过司法鉴定确认合理性。若鉴定结果支持50天，则交强险按鉴定天数赔付；若支持更长期限，超出部分仍需按责任比例分担。

建议行动：

1. 核对交强险医疗费用限额是否已用尽（如医疗费、住院费等是否已占用部分限额）；
   
2. 确认护理期是否经司法鉴定或医疗机构明确证明为90天；
   
3. 若对方未足额赔偿，可要求其按责任比例支付剩余部分，或通过诉讼解决。
   

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