综合执法部门确实有权管理小区内的违建问题，并在符合法律规定和程序的前提下，有权进行拆除。以下是对此问题的详细分析：
一、综合执法部门的职责与权限
综合执法部门在城市管理领域集中行使行政处罚权，这一权力来源于《中华人民共和国行政处罚法》及相关地方性法规的授权。这些法规明确规定了综合执法部门有权对违法建筑进行查处和拆除，以维护城市规划和管理的秩序。具体来说，当城乡规划主管部门作出责令停止建设或限期拆除的决定后，若当事人不遵守，县级以上地方人民政府可以责成综合执法部门等有关部门采取强制措施，如查封施工现场、强制拆除等。
二、小区违建的管理与拆除
违建的认定：小区内的违建，如未经批准擅自搭建的建筑物、构筑物等，一旦被发现，综合执法部门将进行调查取证，并依据相关法律法规进行认定。
拆除程序：在认定违建后，综合执法部门将向当事人送达责令停止建设或限期拆除通知书，明确告知其违法行为及法律后果。若当事人在规定期限内未自行拆除，且未申请行政复议或提起行政诉讼，综合执法部门将依法作出强制拆除决定，并发布公告进行催告。在完成所有法定程序后，综合执法部门方可依法组织实施强制拆除行动。
合法性与合理性：综合执法部门在拆除违建时，必须严格遵守法定程序，确保执法的合法性和公正性。同时，他们也需要考虑拆除行为的合理性，避免对当事人造成不必要的损失。例如，在拆除前，综合执法部门可能会与当事人进行沟通，了解其实际情况和困难，并尝试通过协商等方式解决问题。
三、业主的权益与义务
作为小区的业主，您有权享受小区内的公共设施和资源，但也有义务遵守小区的管理规定和法律法规。如果您的建筑物或构筑物被认定为违建，您应当积极配合综合执法部门的工作，及时履行法律义务，避免不必要的法律纠纷和损失。如果您对综合执法部门的决定有异议，您可以通过法律途径进行申诉或维权。
四、实际案例与启示
在实际操作中，综合执法部门拆除小区违建的案例并不少见。这些案例告诉我们，无论是业主还是物业，都应当遵守法律法规和小区管理规定，不得擅自搭建违建。否则，一旦被发现并认定为违建，将面临被拆除的风险，并可能承担相应的法律责任。
总结与建议：
综合执法部门在小区违建管理方面扮演着重要角色。他们有权对违建进行查处和拆除，以维护城市规划和管理的秩序。作为小区的业主或物业，您应当了解并遵守相关法律法规和小区管理规定，避免擅自搭建违建。如果您对综合执法部门的决定有异议或需要法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。