二审发现一审案由错误时，二审法院会根据具体情况及法律规定来确定处理方式，以确保司法程序的公正性和合法性，同时兼顾当事人的合法权益和公共利益。以下是对此问题的详细分析：

一、民事诉讼中的处理方式

1. 未违反专属管辖规定的情况

   • 若一审法院的案由错误未违反专属管辖规定，且被告在法庭辩论结束前未提出管辖异议并应诉答辩，二审法院可视为受诉人民法院有管辖权（尽管案由有误，但不影响管辖权的认定），继续审理并作出终审判决。这一处理方式基于《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，旨在维护诉讼效率，避免因轻微程序瑕疵而影响案件的实体审理。

2. 违反专属管辖规定的情况

   • 若一审法院的案由错误导致违反了专属管辖规定，二审法院应裁定撤销原判，并将案件移送至有管辖权的法院进行审理。专属管辖是法律对特定类型案件管辖权的特别规定，旨在确保案件由最适合的法院审理，维护司法公正和权威。因此，当一审法院违反专属管辖规定时，二审法院必须予以纠正。

3. 特殊情况的考虑

   • 在某些特殊情况下，如一审法院对案件有牵连管辖权，或纠正案由错误可能对公共利益或行政效率产生重大影响，二审法院可能会权衡利弊后采取其他适当措施，如协调相关法院之间的管辖权等。但这种情况较为罕见，且需严格遵循法律规定和司法原则。

二、刑事诉讼与行政诉讼中的处理方式

1. 刑事诉讼

   • 依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，二审法院若发现一审法院在案由认定上存在错误，且该错误影响了案件的管辖权或审判程序，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。原审人民法院应当将案件移送有管辖权的人民法院进行审理，以确保被告人的合法权益不受侵犯。

2. 行政诉讼

   • 按照《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，二审法院发现一审法院在案由认定上存在错误，且该错误影响了案件的管辖权或审判程序时，同样应当裁定撤销原判，发回重审。在处理过程中，也需考虑公共利益和行政效率的影响，确保行政诉讼的公正性和有效性。

三、当事人的救济途径与注意事项

• 当事人在二审中若发现一审案由错误，可提出管辖权异议或就案由问题提出上诉，要求二审法院审查一审法院的管辖权及案由认定问题。但需注意，管辖权异议应当在提交答辩状期间提出，否则可能被视为放弃异议权利。
• 二审法院在处理案由错误时，会严格遵循法律规定，确保当事人的合法权益得到保障。当事人应积极配合二审法院的审理工作，提供必要的证据和材料，以便二审法院能够准确认定案由并作出公正判决。

四、实际案例参考

• 案例一：某合同纠纷案中，一审法院将案由认定为买卖合同纠纷，但二审法院经审理发现实际应为加工承揽合同纠纷。由于该错误未违反专属管辖规定，且被告未提出管辖异议并应诉答辩，二审法院最终维持了原判，但在判决书中明确了正确的案由。
• 案例二：某侵权纠纷案中，一审法院将案由认定为名誉权纠纷，但二审法院经审理发现实际应为隐私权纠纷。由于该错误涉及专属管辖问题（如涉及网络侵权等特定领域的管辖），二审法院裁定撤销原判，并将案件移送至有管辖权的法院进行审理。

总结来说，二审发现一审案由错误时，处理方式需根据具体情况及法律规定来确定。无论何种情况，二审法院都应严格遵循法律规定，确保司法程序的公正性和合法性。同时，当事人也应积极行使自己的诉讼权利，配合二审法院的审理工作，以便案件能够得到公正、高效的解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。