结论前置：在合同甲方未盖章和签字，而仅有乙方签字按手印的情况下，合同通常不成立，因此也未生效。不过，存在一些特殊情形可能影响合同的效力认定，下面为你详细分析。
一、合同成立与生效的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同时，自双方均签名、盖章或按指印时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。所以，从一般原则来看，仅乙方签字按手印，甲方未盖章和签字，合同通常尚未成立，也就未生效。例如，甲乙双方签订一份买卖合同，乙方在合同上签字按手印后，甲方一直未盖章签字，此时这份合同在形式上就不符合成立要件，一般不具有法律效力。
二、合同有效性的基本条件
有效的民事法律行为需满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力；
- 意思表示真实；
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
这些条件同样适用于合同的效力判断。如果乙方签字按手印时，不具备相应的民事行为能力，或者其签字按手印并非真实意思表示，又或者合同内容违反了法律法规的强制性规定，那么即便甲方后续盖章签字，合同也可能无效。比如，乙方是限制民事行为能力人，其签订的与其年龄、智力不相适应的合同，若未经法定代理人追认，合同无效。
三、特殊情形下合同的效力认定
尽管一般情况下合同需要双方签字或盖章才能成立，但以下特殊情形可能影响合同的效力：
- 存在表见代理情形
- 情形说明：如果乙方有合理理由相信代表甲方签字或盖章的人有代理权，即使该人实际上没有代理权，其签字行为也可能构成表见代理，从而使合同有效。
- 法律依据：《民法典》第一百七十二条规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
- 实例分析：甲公司员工张某长期代表甲公司与乙公司进行业务往来并签订合同，此次虽未经授权但与乙公司签订新合同，乙公司基于以往交易习惯有理由相信张某有代理权，此时合同可能因表见代理而有效。
- 一方已经履行主要义务且对方接受
- 情形说明：即使甲方未签字或盖章，但如果乙方已按照合同约定履行了主要义务，并且甲方接受了乙方的履行，那么合同仍然可以视为成立并生效。
- 法律依据：《民法典》第四百九十条明确规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
- 实例分析：在甲乙双方约定的货物买卖合同中，若甲方未签字盖章，但乙方已交付货物且甲方接收并未提出异议，则合同因乙方已履行主要义务且甲方接受而有效。
四、实际操作建议
为避免潜在的法律纠纷，建议在签订合同时务必确保所有必要的签字、盖章或按指印手续均已完成。同时，对于涉及表见代理或一方已履行主要义务的特殊情形，应谨慎审查并保留好相关证据，如交易习惯的证明、履行义务的凭证等，以确保合同的合法有效性。
如果你在合同签订过程中遇到类似问题，或者有其他合同纠纷方面的疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律解答。