结论：开小车在导航提示掉头但未看到掉头线的情况下掉头，是否会被扣分取决于多个因素，包括交通标志、标线、交通信号灯以及是否影响了其他车辆和行人的正常通行。以下是对此问题的详细分析：

1. 正常情况下的合法性：

   • 如果导航推荐的掉头地点实际上符合交通法规规定，比如设有允许掉头的交通标志（如掉头指示箭头）或没有禁止掉头的标志、标线（如双黄实线），并且在不影响其他车辆和行人正常通行的情况下掉头，那么这种掉头行为一般是合法的，不会被扣分。

2. 可能违章的情况及原因：

   • 导航信息滞后：交通管理措施是动态变化的，若导航数据未及时更新，可能导致推荐的可掉头地点已实际设置禁止掉头标志或实施新的交通规则不允许掉头。此时，依据导航掉头将构成违章。
   • 违反交通信号灯：即使在允许掉头的地点，也需遵守专门的掉头信号灯指示。若红灯时违规掉头，将被视为闯红灯违章，会受到相应的处罚。
   • 不按规定车道行驶：部分路口对掉头车道有明确规定。若未在规定的掉头车道掉头，而是在直行车道等不允许的车道进行掉头，将构成不按规定车道行驶的违章行为，同样会受到处罚。
   • 影响其他车辆和行人通行：掉头时若未注意观察周围交通情况，影响了其他车辆和行人的正常通行，也可能被视为违章行为。

3. 法律依据与驾驶建议：

   • 根据《道路交通安全法》的相关规定，机动车在通过交叉路口时，应优先遵循交通信号灯、交通标志、交通标线或交通警察的指挥。无上述指示时，应减速慢行，并让行人和优先通行的车辆先行。
   • 驾驶员在行车过程中，不应完全依赖导航指示，而应时刻关注道路状况和交通标志、标线，确保驾驶行为符合交通法规要求。特别是在掉头时，应仔细观察周围交通情况，确保安全后再进行掉头。
   • 若导航指示与道路实际情况不符，驾驶员应遵循道路实际情况和交通法规的指示进行驾驶，以避免违章行为的发生。

总结与建议：在行车过程中，虽然导航可以提供一定的辅助指示，但驾驶员仍需保持警惕，综合判断道路状况和交通法规。特别是在掉头时，应仔细观察交通标志、标线以及交通信号灯，确保掉头行为的合法性与安全性。如果因导航指示不明确或滞后而导致违章行为，驾驶员仍需承担相应的法律责任。因此，建议您在行车过程中多留意道路实际情况，确保安全驾驶。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。