车辆因质量问题退车并注销时，出厂合格证通常无需单独处理，但需根据具体流程配合提交或留存，具体分情况说明如下：
退车环节中合格证的作用
出厂合格证是车辆质量合格的法定证明文件，在退车时通常需作为车辆合法性的基础材料提交给经销商或厂家。若退车原因是质量问题（如符合《家用汽车产品修理更换退货责任规定》中的退车条件），经销商一般会收回合格证原件，用于办理后续注销或重新流通手续。
法律依据：根据《产品质量法》第十二条，产品必须附有合格证明，退车时该证明需随车流转以完成质量追溯。
车辆注销环节中合格证的处理
若车辆需注销登记（如报废或退市），合格证原件可能需提交至车管所作为车辆合法来源的证明文件之一。但实践中，部分地区车管所已实现数据联网，可能仅需核对合格证编号或电子档案，无需提交原件。
操作建议：退车时主动向经销商确认合格证用途，若需留存复印件，可要求加盖公章注明“与原件一致”以备后续需要。
特殊情形：合格证遗失或损毁
若合格证因保管不善遗失，退车时可能面临流程障碍。此时需与经销商协商，由厂家出具补办证明或质量合格声明，并附购车发票、三包凭证等材料佐证车辆合法性。
风险提示：合格证缺失可能影响退车进度，建议退车前妥善保管或提前与经销商沟通补办方案。
总结：合格证在退车注销流程中主要作为质量证明和车辆合法性依据，通常由经销商或车管所处理，个人无需额外操作。若遇特殊情况，及时与经销商或厂家沟通补办材料即可。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体流程细节。