开单位车肇事后更换变速箱是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若更换变速箱是出于维修需要，且符合相关规定：

   • 在交通事故中，如果车辆变速箱因事故受损，为了恢复车辆的正常使用功能，进行更换是合理的维修行为。这种情况下，只要更换的变速箱是符合车辆原厂规格、质量标准的合格产品，并且维修过程遵循了相关的维修规范和流程，那么这种行为并不违法。
   • 法律依据：根据《道路交通安全法》及相关规定，车辆发生事故后，应当及时进行维修，确保车辆符合安全技术标准。因此，合理的维修行为是受到法律保护的。

2. 若更换变速箱是为了掩盖事故真相或进行欺诈：

   • 如果更换变速箱并非出于维修需要，而是为了掩盖事故造成的其他更严重损坏，或者通过更换非原厂、低质量的变速箱来降低成本，进而进行欺诈（如向保险公司索赔时虚报维修费用），那么这种行为就是违法的。
   • 法律后果：这种行为可能构成保险诈骗罪或欺诈行为，根据《刑法》和《治安管理处罚法》的相关规定，可能会面临刑事处罚或行政处罚。同时，如果因此导致交通事故责任认定不准确，还可能承担相应的民事赔偿责任。

3. 若更换变速箱未按规定程序进行：

   • 即使更换变速箱是出于维修需要，但如果未按照规定的程序进行，比如未向相关部门报告、未选择有资质的维修厂进行维修等，也可能构成违规行为。虽然这种行为不一定直接违法，但可能会违反行业规定或车辆管理规定，从而面临相应的行政处罚或管理措施。

建议：

• 在开单位车肇事后，如果需要更换变速箱，应当首先确保更换的必要性，并选择有资质的维修厂进行维修。
• 维修过程中应当遵循相关的维修规范和流程，确保更换的变速箱符合车辆原厂规格和质量标准。
• 如果涉及保险理赔，应当如实向保险公司报告事故情况和维修情况，避免虚报或瞒报。

总结：开单位车肇事后更换变速箱是否违法，取决于更换的目的、过程以及是否符合相关规定。如果出于合理的维修需要并遵循了相关规定，那么这种行为并不违法；但如果出于欺诈或其他非法目的，或者未按规定程序进行，就可能构成违法行为。因此，在处理此类问题时，应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。