结论：配偶名下的农村自建房是否会被法院查封拍卖，取决于该房产是否属于夫妻共同财产以及是否被认定为执行标的。若该房产属于夫妻共同财产且被认定为执行标的，则可能会被查封拍卖；若不属于夫妻共同财产或未被认定为执行标的，则通常不会被查封拍卖。
分析说明：
夫妻共同财产的认定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，一般属于夫妻共同财产，除非有特别约定或法律另有规定。农村自建房若是在婚姻关系存续期间建造，且没有特别约定为个人财产，则通常会被认定为夫妻共同财产。
执行标的的认定：
- 在执行程序中，法院会依据生效法律文书确定执行标的。若老公因担保被起诉并执行个人债务，且该债务被认定为夫妻共同债务（这通常需要法院根据具体情况判断，如债务是否用于夫妻共同生活、共同生产经营等），或者虽然债务为个人债务，但执行标的涉及夫妻共同财产中的份额，那么配偶名下的农村自建房作为夫妻共同财产的一部分，可能会被法院查封拍卖。
- 若该债务被明确认定为老公的个人债务，且农村自建房不属于夫妻共同财产（如婚前个人财产、有特别约定的个人财产等），或者虽然属于夫妻共同财产但法院未将其认定为执行标的，则该房产通常不会被查封拍卖。
农村自建房的特殊性：
- 农村自建房可能涉及土地使用权、宅基地使用权等特殊权益，这些权益的转让和处置可能受到相关法律法规的限制。因此，在执行过程中，法院会综合考虑这些因素，确保执行行为的合法性和合理性。
法律建议：
- 若您担心配偶名下的农村自建房会被查封拍卖，建议首先了解该房产是否属于夫妻共同财产，以及该债务是否被认定为夫妻共同债务。
- 若该房产属于夫妻共同财产且债务可能涉及共同财产份额，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
- 在执行过程中，若您认为法院的执行行为存在不当之处，可以依法提出执行异议或申请复议，维护自己的合法权益。
后续行动：
- 若您需要更具体的法律建议或帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。