若工程结束多年后被审计发现存在围标行为，核心结论是需根据具体情况承担相应法律责任，但可能存在追责时效等抗辩事由，具体分析如下：

1. 围标行为的法律定性及责任承担
   根据《招标投标法》第五十三条，围标（即投标人相互串通投标或与招标人串通投标）属于违法行为，中标无效，且可能面临以下后果：

   • 行政处罚：对单位处中标项目金额5‰-10‰罚款，对直接责任人员处单位罚款数额5%-10%罚款；没收违法所得；情节严重的，取消1-2年内参加依法必须招标项目的投标资格并公告，直至吊销营业执照。
     
   • 刑事责任：若围标行为涉及行贿、受贿或损害国家、集体利益，可能构成《刑法》第二百二十三条的“串通投标罪”，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；单位犯罪的，对单位判处罚金，对直接责任人员依前款处罚。
     
   • 民事赔偿：若围标导致其他投标人损失，受害方可要求赔偿实际损失及合理费用（如差旅费、律师费等）。

2. 追责时效的抗辩可能

   • 行政处罚时效：根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。若围标行为结束已超两年且无持续状态，可能成为抗辩理由。
     
   • 刑事追诉时效：根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年。若围标行为未构成更重罪名，超五年后可能不再追诉。
     
   • 民事诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，向法院请求保护民事权利的时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若受害方超时效未起诉，可能丧失胜诉权。

3. 实务建议

   • 主动配合调查：若被审计或行政机关调查，应如实提供材料，避免因隐瞒或伪造证据加重处罚。
     
   • 核查时效抗辩：委托律师分析行为时间、处罚类型及证据链完整性，评估是否可主张时效抗辩。
     
   • 协商和解或申诉：若处罚已作出但认为过重，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；若涉及民事赔偿，可尝试与受害方协商和解。
     
   • 合规整改：未来参与招投标时，严格审查投标流程，避免与关联方同时投标，保留完整交易记录以自证清白。

提示：围标行为的法律后果严重，即使工程结束多年，仍可能因审计、举报或刑事立案被追责。建议根据具体情节（如行为时间、证据保存、是否造成实际损失等）尽快委托律师分析，制定应对方案。如有进一步细节需讨论，可直接向我提问。