停业整顿不符合标准时，行政机关有权依法取消相关主体的许可资格，但需满足法定条件并遵循法定程序。以下从不同角度展开分析：

1. 法律依据与行政权力边界

根据《行政许可法》第六十九条，行政机关对被许可人存在“不符合法定条件”或“违反法定程序”取得许可的情形，可依法撤销行政许可。若停业整顿期间被许可人未达到整改标准（如未消除安全隐患、未补齐资质文件等），行政机关可认定其“不再符合许可条件”，进而启动撤销程序。例如：

• 餐饮行业：若餐厅因卫生问题被责令停业整顿，但整改后仍存在鼠患、食材过期等严重问题，市场监管部门可吊销《食品经营许可证》。
• 建筑行业：施工企业因安全事故被停业整顿，若未按规定增配安全管理人员或更新设备，住建部门可撤销其《安全生产许可证》。

2. 程序合法性要求

行政机关取消许可资格需严格遵循法定程序，包括：

• 调查取证：通过现场检查、第三方评估等方式固定证据，证明被许可人未达标；
• 告知与听证：向被许可人送达《撤销许可告知书》，明确事实、理由及依据，并保障其陈述、申辩权；
• 决定与送达：作出撤销决定后，需依法送达并公示，确保程序透明。 若程序违法（如未听证、证据不足），被许可人可通过行政复议或诉讼主张撤销决定。

3. 被许可人的救济途径

若被许可人认为取消许可资格的决定违法或不当，可采取以下措施：

• 行政复议：自知道决定之日起60日内向上一级行政机关申请复议；
• 行政诉讼：自知道决定之日起6个月内向法院提起诉讼，要求撤销行政行为。 案例参考：某医疗机构因整顿后仍不符合《医疗机构基本标准》，被卫健委撤销《医疗机构执业许可证》，法院经审理认为程序合法、证据充分，最终维持决定。

4. 特殊情形下的限制

若取消许可资格可能对公共利益造成重大损害（如唯一供水企业被撤销许可），行政机关可暂不撤销，但需责令限期整改并加强监管。例如：

• 环保领域：化工厂因超标排放被停业整顿，若撤销其排污许可将导致区域污水无法处理，环保部门可暂不撤销，但要求其停产整治直至达标。

总结建议：若您或您的企业面临停业整顿后被取消许可资格的情况，需第一时间核查行政机关的证据是否充分、程序是否合法，并积极行使陈述、申辩权。如有疑问，可直接向我咨询具体领域的法律应对策略。