结论：法院将确权本上一个人的土地判给哥哥的行为是否合法，需根据具体案情和法律依据来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、土地确权证的法律效力与法院判决的关系
土地确权证是土地权属的法定证明文件，具有公示公信的效力。然而，土地确权证并非绝对不可推翻。在特定情况下，如存在确权错误、程序违法或新证据出现等，法院有权根据查明的事实和法律规定，对土地权属进行重新认定和判决。
二、法院判决的合法性分析
证据充分性：
- 如果法院在判决过程中，依据了充分、确凿的证据，如土地流转协议、继承文件、分家析产协议等，且这些证据能够证明哥哥对涉案土地享有合法权益，那么法院的判决就是合法的。
- 反之，如果法院判决缺乏充分证据支持，或者证据存在瑕疵、矛盾，那么判决的合法性就会受到质疑。
法律适用正确性：
- 法院在判决时，必须正确适用相关法律法规，如《土地管理法》、《农村土地承包法》等。如果法院在判决中正确引用了法律条款，并准确解释了法律精神，那么判决就是合法的。
- 如果法院在判决中错误适用法律，或者对法律条款的解释存在偏差，那么判决的合法性就会受到影响。
程序合法性：
- 法院在审理案件过程中，必须遵循法定程序，如立案、审理、举证、质证、辩论等。如果法院在判决过程中程序合法，没有违反法定程序，那么判决就是合法的。
- 如果法院在判决过程中存在程序违法，如未依法送达诉讼文书、未依法组织质证等，那么判决的合法性就会受到质疑。
三、可能的情况与建议
如果认为法院判决不合法：
- 可以依法向上一级法院提起上诉，要求撤销原判决并重新审理。
- 在上诉过程中，应提供充分的证据和法律依据，以支持自己的主张。
如果认为法院判决合法但存在争议：
- 可以考虑通过协商、调解等方式解决争议，以避免进一步的法律纠纷。
- 如果协商、调解无果，且认为自己的权益受到侵害，可以依法寻求法律援助或提起诉讼。
对于土地确权证与法院判决不一致的情况：
- 应首先确认法院判决的合法性和有效性。如果法院判决已经生效，且确认了哥哥对涉案土地的权益，那么土地确权证可能需要依法进行变更或注销。
- 在变更或注销土地确权证的过程中，应遵循法定程序，确保程序的合法性和公正性。
建议：在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供针对性的法律意见。