夫妻分居三年，若未通过法定程序办理离婚手续，仍然是合法夫妻。以下是对这一问题的详细分析：

一、婚姻关系的解除方式

在我国，婚姻关系的解除必须遵循法定程序，主要有两种方式：

1. 协议离婚：夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。经审查符合条件，度过离婚冷静期后，婚姻登记机关会发给离婚证，此时婚姻关系才正式解除。
2. 诉讼离婚：若夫妻双方无法就离婚事宜达成一致，或一方不同意离婚，另一方可通过向法院提起诉讼的方式请求离婚。法院在审理过程中，会综合考虑夫妻感情是否确已破裂等因素作出判决。其中，因感情不和分居满二年是认定感情破裂的法定情形之一，但分居满二年并不直接导致婚姻关系解除，仍需通过法院判决。

二、分居对婚姻关系的影响

1. 分居的定义：分居是指夫妻双方在婚姻关系存续期间，由于感情不和或其他原因而分开居住，不再共同生活。它只是一种居住状态的体现，并不影响婚姻关系的合法性。
2. 分居在离婚诉讼中的作用：虽然分居本身不会直接导致婚姻关系的解除，但在离婚诉讼中，分居满两年可以作为法院认定夫妻感情破裂的一个参考因素。然而，要真正解除婚姻关系，仍然需要通过上述的法定程序进行。
3. 分居证据的提供：在诉讼离婚时，如果一方以分居为由提出离婚请求，需要提供充分的证据来证明分居的事实。这些证据可能包括分居协议、在外居住的租房合同、居委会或物业的居住情况证明、聊天记录等，以证明分居的连续性和因感情不和而分居的事实。

三、分居三年的法律后果

1. 婚姻关系仍然存续：即使夫妻分居三年，只要没有通过法定程序解除婚姻关系，双方仍然是合法夫妻，仍具有夫妻之间的权利和义务，如相互扶养、继承等。
2. 可能面临离婚诉讼：如果一方在分居期间决定离婚，并提起诉讼，法院在审理时会考虑分居的事实作为认定夫妻感情破裂的依据之一。但最终是否判决离婚，还需根据具体情况和法院的判断。
3. 财产和债务处理：在分居期间，夫妻双方的财产和债务仍然属于共同财产和共同债务，除非双方有特别约定。在离婚时，这些财产和债务需要按照法律规定进行分割和处理。

四、建议

1. 如果决定离婚：建议夫妻双方先尝试协商离婚，签订书面离婚协议并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。如果协商不成，再考虑通过诉讼方式离婚。
2. 收集分居证据：如果一方打算以分居为由提起离婚诉讼，建议提前收集并保存好分居期间的证据，如租房合同、居住证明、聊天记录等，以证明分居的事实和连续性。
3. 咨询专业律师：在处理离婚事宜时，涉及的法律问题可能较为复杂。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总之，夫妻分居三年并不会自动导致婚姻关系的解除。要真正解除婚姻关系，仍然需要通过法定程序进行。在处理相关事务时，建议夫妻双方保持冷静和理性，尽量通过协商方式解决分歧，以维护双方的合法权益。