有限公司从村委会书记手中购买农户水田的行为，在多数情况下是不合法的，但具体还需根据实际情况判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 土地性质与用途限制：

   • 水田属于农用地，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农用地转为建设用地需要经过严格的审批程序，且必须符合土地利用总体规划和城乡规划。若有限公司购买水田的目的是为了进行非农业建设（如开发房地产、建工厂等），而未经合法审批程序，则该行为显然违法。
   • 即便有限公司购买水田的目的是为了农业用途（如扩大种植规模），也需要确保该交易符合当地土地流转的相关规定，且不得改变土地的农业用途。

2. 交易主体与程序合法性：

   • 村委会书记作为个人，并不直接拥有水田的所有权或处分权。水田的所有权通常属于农村集体经济组织（如村委会），而农户则享有承包经营权。因此，有限公司若要从农户手中购买水田，应直接与农户进行交易，并确保交易程序合法，如签订书面合同、办理土地承包经营权变更登记等。
   • 若村委会书记以个人名义出售农户水田，可能涉及无权处分或滥用职权的问题，该交易行为可能因主体不适格而无效。

3. 潜在的法律后果：

   • 若有限公司非法购买农户水田并进行非农业建设，可能面临土地管理部门的行政处罚，如责令退还土地、拆除地上建筑物、恢复土地原状等。
   • 在严重情况下，若该行为构成非法转让、倒卖土地使用权罪等刑事犯罪，有限公司及其相关责任人员还可能面临刑事追究。

建议：

• 有限公司在考虑购买农户水田时，应首先确认土地的性质、用途以及交易主体的合法性。
• 确保交易程序符合相关法律法规的规定，如签订书面合同、办理相关登记手续等。
• 若对交易合法性存在疑问，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以避免潜在的法律风险。

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