在借用资质违规招投标的情况下，违法所得的确认主体通常是行政机关或司法机关，具体取决于案件所处的阶段和性质。以下从不同角度进行详细分析：

一、行政机关确认违法所得

在招投标过程中，如果发现存在借用资质违规招投标的行为，行政机关（如招投标监管部门、市场监管部门等）有权进行调查，并确认违法所得。行政机关在确认违法所得时，会依据相关法律法规，如《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国行政处罚法》等，对违规行为进行认定，并计算违法所得的数额。行政机关的确认具有行政效力，是后续行政处罚（如罚款、没收违法所得等）的依据。

举例说明：假设某公司通过借用其他公司的资质参与招投标，并成功中标。在招投标监管部门的调查中，发现该公司存在违规行为，并计算出其通过违规行为获得的利润为100万元。那么，这100万元即为违法所得，由行政机关进行确认，并可能面临没收等行政处罚。

二、司法机关确认违法所得

如果借用资质违规招投标的行为涉嫌犯罪，如串通投标罪、行贿罪等，那么案件将进入司法程序。在司法程序中，司法机关（如法院、检察院等）将负责确认违法所得。司法机关在确认违法所得时，会依据刑事诉讼法和相关司法解释，对案件进行审理，并计算违法所得的数额。司法机关的确认具有法律效力，是后续刑事处罚（如罚金、没收财产等）的依据。

举例说明：假设某公司通过借用资质违规招投标，并涉嫌串通投标罪。在法院的审理中，认定该公司通过违规行为获得的利润为200万元，且该行为构成犯罪。那么，这200万元即为违法所得，由司法机关进行确认，并可能面临罚金等刑事处罚。

三、确认违法所得的注意事项

1. 证据收集：无论是行政机关还是司法机关，在确认违法所得时，都需要收集充分的证据来支持其认定。证据可以包括合同、发票、银行转账记录、证人证言等。
2. 计算方式：违法所得的计算方式可能因案件性质和法律法规的不同而有所差异。一般来说，违法所得是指通过违规行为获得的全部收入，扣除合法成本后的余额。但具体计算方式还需根据案件具体情况和法律法规进行确定。
3. 法律程序：确认违法所得需要遵循严格的法律程序。行政机关在确认违法所得时，需要依法进行调查、取证、听证等程序；司法机关在确认违法所得时，需要依法进行审理、判决等程序。

总结与建议：借用资质违规招投标是违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能涉嫌犯罪。因此，建议相关企业和个人严格遵守法律法规，避免参与违规招投标行为。如果已经涉及违规行为，建议及时咨询专业律师，了解自身权益和义务，并积极配合行政机关或司法机关的调查和处理工作。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。