行政机关在特定情况下可以没收公司法人购买的设备，但必须严格依照法定程序和条件进行。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律依据与没收条件
根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在查处违法行为时，有权依法对违法所得、非法财物等采取没收措施。对于公司法人购买的设备，如果这些设备被用于实施违法行为，或者本身就是违法所得、非法财物，那么行政机关在依法调查取证后，可以作出没收决定。
具体来说，没收设备通常需要满足以下条件：
- 设备与违法行为有关：设备必须是直接用于实施违法行为的工具，或者本身就是违法所得、非法财物。例如，如果公司法人使用设备进行非法生产、销售假冒伪劣产品等违法行为，那么这些设备就可能被没收。
- 行政机关依法作出决定：行政机关在作出没收决定前，必须依法进行调查取证，确保事实清楚、证据确凿。同时，行政机关还需要遵循法定程序，如告知当事人权利、听取当事人陈述和申辩等。
- 没收决定符合法律规定：没收决定必须明确、具体，并符合相关法律法规的规定。例如，没收决定应当明确没收设备的名称、数量、规格等详细信息，并告知当事人救济途径和期限。
二、没收程序的合法性
行政机关在没收设备时，必须严格遵守法定程序，确保程序的合法性和公正性。这包括：
- 调查取证：行政机关应当依法进行调查取证，收集与违法行为有关的证据材料。这包括现场勘查、询问当事人、查阅相关账目和资料等。
- 告知权利：在作出没收决定前，行政机关应当告知当事人享有的权利，如陈述权、申辩权等。当事人有权对行政机关的指控进行反驳和申辩。
- 作出决定：在调查取证和告知权利后，行政机关应当依法作出没收决定。决定应当明确、具体，并符合相关法律法规的规定。
- 执行与救济：没收决定作出后，行政机关应当依法执行。同时，当事人如果对没收决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，寻求救济。
三、特殊情况下的考虑
在某些特殊情况下，行政机关在没收设备时可能需要考虑更多的因素。例如：
- 设备价值较高：如果设备价值较高，且并非直接用于实施违法行为，而是公司法人合法购置的财产，那么行政机关在作出没收决定时应当更加谨慎。在这种情况下，行政机关可能需要考虑是否可以通过其他方式（如罚款、责令改正等）来达到处罚和纠正违法行为的目的。
- 设备涉及第三方权益：如果设备涉及第三方权益（如租赁、抵押等），那么行政机关在作出没收决定前需要充分考虑这些权益的保护。在这种情况下，行政机关可能需要与第三方进行协商或采取其他措施来确保第三方权益不受损害。
总结来说，行政机关在特定情况下可以没收公司法人购买的设备，但必须严格依照法定程序和条件进行。如果您或您的公司面临类似情况，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。有问题可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，为您提供更全面、准确的法律分析。