针对您提出的“起讫点均不在许可的经营区域怎么处罚司机”的问题，我将结合相关法规及实际案例，为您详细解答。
首先，需要明确的是，根据《网络预约出租汽车经营服务管理暂行办法》以及《巡游出租汽车经营服务管理规定》，网约车或巡游出租汽车都应当在许可的经营区域内从事经营活动。若超出许可的经营区域，起讫点中至少应有一端在许可的经营区域内，这是法律对于出租车运营范围的基本要求。
对于起讫点均不在许可的经营区域从事出租车经营活动的行为，处罚对象及方式如下：
处罚对象：
- 在网约车领域，由于超出许可经营区域经营往往是驾驶员按照平台派单指令从事的运输活动，因此违法源头通常被认为是平台公司。所以，起讫点均不在许可的经营区域从事网约车经营活动的违法行为，处罚对象一般为平台公司，而不对驾驶员进行立案查处（但具体还需根据地方规定和实际情况判断）。
- 在巡游出租汽车领域，如案例中所示，驾驶员若直接从事起讫点均不在许可的经营区域的活动，则驾驶员本人会成为处罚对象。
处罚方式：
- 对于网约车平台公司，若违反规定，出租汽车行政主管部门会依据相关法规进行处罚，可能包括责令改正、罚款等。具体罚款金额会根据违法情节的严重程度、平台公司的规模及影响等因素综合确定。
- 对于巡游出租汽车驾驶员，如案例中李某某的情况，若违反规定，县级以上地方人民政府出租汽车行政主管部门会责令改正，并处以3000元以上1万元以下的罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。在案例中，李某某因起讫点均不在许可的经营区域从事巡游出租汽车经营活动，被罚款3000元。
额外说明：
- 法律在处理此类问题时，也考虑到了乘客的实际需求。例如，当乘客的行程超出了网约车或巡游出租汽车的经营地域范围时，法律允许起讫点中有一端在经营区域内的“超范围”经营，以体现法律的人性化。
- 处罚此类违法行为不仅有助于规范运输市场秩序，保障合法经营者的权益，还能减少乘客遭遇拒载、乱收费或安全事故的风险，促进区域交通的协调发展。
综上所述，起讫点均不在许可的经营区域从事出租车经营活动的行为，会根据具体情况对平台公司或驾驶员进行处罚。为了维护良好的市场秩序和乘客权益，建议出租车驾驶员和平台公司都严格遵守相关法规，确保在许可的经营区域内从事经营活动。