公司罚款通常不可以直接扣底薪。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律法规依据与底薪保护
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。底薪作为工资的一部分，同样受到该条款的保护，公司不能随意克扣。
底薪性质：
- 底薪是员工的基本劳动报酬，是劳动者应得的固定收入，属于工资的重要组成部分，因此受到法律保护。
二、公司罚款的限制与合法性
罚款权力：
- 罚款通常被视为行政处罚手段，而公司并非行政机关，因此不具备直接罚款的权力。企业设立罚款制度在法律上是没有依据的，不能直接以罚款形式扣减员工底薪。
经济损失赔偿：
- 如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿需遵循法定程序，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
内部规章制度：
- 公司可以制定内部规章制度来规范员工行为，但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并向劳动者公示告知。如果规章制度内容违反法律、法规的强制性规定，则无效。
三、公司应如何处理员工违规行为
对于员工的违规行为，公司应依据合法有效的内部规章制度进行相应处理，如警告、记过、降级等。但这些处理措施不应直接涉及扣减底薪，而应通过其他合法合规的方式进行，如绩效扣分、奖金调整等。
四、员工权益保护与救济途径
权益保护：
- 如果公司未经合法程序擅自扣除员工底薪，员工有权维护自己的合法权益。
救济途径：
- 员工可以与公司协商解决争议；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以寻求法律救济。在某些特殊情况下，如果企业以劳动合同附件的形式将相关内部管理制度、扣罚标准通知劳动者，并且劳动者在明确知晓并签署后，企业的相关扣罚制度程序可能被视为合法。但即便如此，扣罚也需严格遵循法定程序和限额。
总结：公司罚款通常不可以直接扣底薪。在处理员工违规行为时，公司应依法行事，确保内部规章制度的合法性和合理性，并尊重员工的合法权益。员工也应了解自己的权利，并在权益受损时及时寻求法律救济。