在个人涉及非法经营药品的情况下，提供资质的公司是否会被认定有罪，这取决于公司是否知情以及是否参与非法经营行为，不能一概而论。以下从不同情况进行分析：
公司不知情且未参与非法经营
- 如果公司对个人的非法经营行为完全不知情，且没有以任何形式参与或协助该非法经营行为，那么公司通常不会被认定有罪。因为犯罪的成立需要主观上的故意或过失，如果公司没有故意或过失，就不构成犯罪。
公司知情但未参与非法经营
- 如果公司知道个人在非法经营药品，但并未以任何形式参与或协助，包括提供资金、场地、设备、资质等支持，那么公司可能不会被直接认定有罪。然而，如果公司未履行其作为资质提供者的监管义务，例如未对个人使用资质的情况进行合理审查或监督，导致非法经营行为得以持续，公司可能会因监管不力而承担一定的行政责任或民事责任，但不一定构成刑事犯罪。
公司知情且参与非法经营
- 如果公司不仅知道个人在非法经营药品，还以各种形式参与或协助该非法经营行为，例如提供资质、资金、场地、设备等支持，或者帮助个人逃避监管、销售非法药品等，那么公司很可能被认定与个人构成共同犯罪。在这种情况下，公司需要承担相应的刑事责任，包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销药品经营许可证等，甚至可能面临更严重的刑事处罚，如有期徒刑等。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪是指违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。如果公司参与非法经营行为，且情节严重，就可能构成非法经营罪。
- 对于公司而言，为了避免涉及非法经营药品的风险，应当加强内部管理，严格审查资质使用情况，确保不向任何非法经营行为提供支持或协助。同时，公司还应当定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识，防止因员工个人行为而牵连公司。
- 如果公司发现个人正在非法经营药品，应当立即停止提供任何形式的支持或协助，并及时向相关部门报告，以减轻或避免公司的法律责任。
可能法律后果：
- 如果公司被认定构成非法经营罪，将面临严重的法律后果，包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销药品经营许可证等行政处罚，以及可能的有期徒刑等刑事处罚。
- 此外，公司还可能因非法经营行为而面临民事赔偿责任，需要向受害者赔偿因其非法经营行为所造成的损失。
因此，公司是否会被认定有罪，取决于其是否知情以及是否参与非法经营行为。如果你或你所在的公司面临类似情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。