发现公司营业执照被别人冒用，您应立即采取以下措施来维护公司的合法权益：
一、初步核实与证据收集
初步核实：
- 仔细核对冒用行为的具体信息，包括冒用者的身份、冒用的具体方式（如伪造印章、假冒签名等）、冒用行为发生的地点和时间等。
- 确认冒用行为是否已对公司造成实际损失或潜在风险，如经济损失、法律纠纷、声誉损害等。
证据收集：
- 收集所有与冒用行为相关的证据材料，如合同文件、交易记录、通信往来、监控录像、证人证言等。这些证据将用于后续的法律程序，因此必须确保其真实、合法且有效。
- 特别关注能够证明公司对冒用行为并不知情的证据，如公司内部的审批流程记录、员工不在场证明等。
二、向相关部门举报与投诉
向市场监督管理部门（工商局）举报：
- 立即向当地市场监督管理部门报告营业执照被冒用的情况，并提交详细的举报材料，包括冒用行为的描述、证据材料的清单以及公司的联系方式等。
- 配合市场监管部门的调查工作，提供必要的协助和信息，如提供公司公章、法定代表人身份证明等文件以供比对。
向公安机关报案：
- 如果冒用行为涉嫌犯罪，如伪造公司印章罪、诈骗罪等，应向当地公安机关报案，并提供充分的证据材料，协助公安机关开展侦查工作。
- 报案时，应详细说明冒用行为的具体情况，包括冒用者的身份信息、冒用方式、冒用目的等，以便警方迅速立案调查。
向税务部门反映：
- 如发现冒用者使用公司营业执照进行税务申报或开具发票等违法行为，应及时向当地税务部门反映，并配合税务部门的调查和处理工作，防止国家税收流失。
三、采取法律手段维权
发送律师函：
- 在掌握充分证据的情况下，可以委托律师向冒用者发送律师函，要求其停止侵权行为并赔偿损失。律师函具有一定的法律效力，可以起到震慑和警告的作用。
提起民事诉讼：
- 若冒用行为导致公司经济损失或其他民事权益受损，可以向人民法院提起民事诉讼，要求冒用者承担侵权责任，赔偿因侵权行为造成的全部损失。
- 在提起诉讼前，应准备好充分的证据材料，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。
申请行政复议或行政诉讼：
- 如果对市场监管部门或其他行政机关的处理决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，通过法律途径维护公司的合法权益。
四、后续管理与防范措施
及时办理变更或注销手续：
- 如果营业执照确实存在被冒用的风险或已经发生冒用行为，应及时向市场监管部门申请变更登记事项或注销营业执照，防止冒用行为继续发生或扩大影响。
加强内部管理和风险防范：
- 完善公司的内部管理制度，加强对营业执照等重要证件的保管和使用管理，如设立专门的证件保管柜、实行证件使用审批制度等。
- 提高员工的风险防范意识，定期进行安全培训和演练，确保员工能够识别并应对潜在的冒用风险。
建立应急响应机制：
- 制定应急预案，明确在发现营业执照被冒用后的应对措施和责任分工，如立即报警、报告市场监管部门、收集证据等。
- 确保在紧急情况下能够迅速、有效地应对和处理，减少损失和风险。
最后，需要强调的是，营业执照被冒用不仅可能给公司带来经济损失和法律纠纷，还可能损害公司的声誉和信誉。因此，公司应高度重视此类问题，及时采取措施维护自身权益，并加强内部管理和风险防范，防止类似事件再次发生。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。